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siesta2.0.2版本下计算自带的fdf文件出现下面的这些东西，刚接触，真心求指导！ 已有3人参与
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我是个新手，刚接触的siesta，是想尝试下他里面自带例子的计算，于是有了下面这一些东西...输入文件我倒是看得懂，不过输出的那些东西好像是并行计算出错吧？真心想请教一下各位懂siesta的大神，先在此谢过了！ zzy@ubuntu:~$ siesta</home/zzy/sourcecode/siesta-2.0.2/Examples/H2O/h2o.fdf Siesta Version: siesta-2.0.2 Architecture : x86_64-unknown-linux-gnu--unknown Compiler flags: /opt/mpich2/bin/mpif90 -g -O2 PARALLEL version * Running in serial mode with MPI >> Start of run: 14-DEC-2014 19:41:12 *********************** * WELCOME TO SIESTA * *********************** reinit: Reading from standard input ************************** Dump of input data file **************************** SystemName Water molecule SystemLabel h2o NumberOfAtoms 3 NumberOfSpecies 2 %block ChemicalSpeciesLabel 1 8 O # Species index, atomic number, species label 2 1 H %endblock ChemicalSpeciesLabel AtomicCoordinatesFormat Ang %block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies 0.000 0.000 0.000 1 0.757 0.586 0.000 2 -0.757 0.586 0.000 2 %endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies ************************** End of input data file ***************************** reinit: ----------------------------------------------------------------------- reinit: System Name: Water molecule reinit: ----------------------------------------------------------------------- reinit: System Label: h2o reinit: ----------------------------------------------------------------------- initatom: Reading input for the pseudopotentials and atomic orbitals ---------- Species number: 1 Label: O Atomic number: 8 Species number: 2 Label: H Atomic number: 1 Ground state valence configuration: 2s02 2p04 read_pseudo: ERROR: Pseudopotential file not found: O.psf Stopping Program from Node: 0 application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 0 zzy@ubuntu:~$ |
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7楼2014-12-24 15:48:28
iamlee
金虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
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2楼2014-12-21 22:59:16
东尼大周3楼2014-12-22 00:33:30
4楼2014-12-22 10:01:59