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Arlequin AMOVA求助 已有1人参与
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Arlequin AMOVA 应用求助 本人在自学啊，按网上要求的输入数据，作mtDNA序列分析，可软件分析结果不出来。 例：Reading Yuanyan ... Number of loci for genotype "001" is different (715) from that previously defined (711) on line 20 1 #[ERROR # 1] from function "Population::New_read_genotypic_data()" : phenotypes have different number of loci 2 #[ERROR # 2] from function "Samples::NewRead()" : unable to read sample data 问题在那？ 如何录入数据？有董的请指教下，发个录入格式！ |
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盛夏海棠
木虫 (初入文坛)
- 应助: 8 (幼儿园)
- 金币: 3670.8
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- 帖子: 49
- 在线: 69.7小时
- 虫号: 1710608
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- 专业: 农业昆虫学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jkamm: 金币+5, ★★★很有帮助, 终于弄出来了，非常感谢！回头我再研究下，真不容易啊，有点石成金感觉。 2014-12-09 01:08:01
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先用Dnasp生成arp格式（Generate-Haplotype Data File-Arlequin List）,然后再更改格式如下：[[Samples]] SampleName = "A1" SampleSize = 14 SampleData = { Hap_1 3 Hap_2 1 Hap_3 4 Hap_4 2 Hap_5 1 Hap_6 2 Hap_7 1 } SampleName = "B2" SampleSize = 13 SampleData = { Hap_2 2 Hap_8 2 Hap_9 2 Hap_10 4 Hap_11 2 Hap_12 1 } A1和B2是需要AMOVA分析所用的种群，SampleSize种群样本量，SampleData 是你每个种群里单倍型的情况（哪几个单倍型，每个单倍型有几个个体），arp格式可以用记事本打开进行编辑，前面的NbSamples改成你要分析的种群数 |
2楼2014-12-08 17:25:33
3楼2014-12-09 00:44:48