| 查看: 1563 | 回复: 4 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
[求助]
甲烷的5-site模型 已有1人参与
|
||
|
做甲烷的吸附，一直用的1-site的模型，现在需要考虑到静电力了，想尝试一下1-site和5-site有没有什么区别，用MS直接画的甲烷的模型，导出来的坐标如下： ### Methane Molecule File Molecule_Name: Methane Coord_Info: Listed Cartesian Rigid 5 # number of atoms in molecule 1 -3.834 0.885 -0.000 CarbonCH4 -0.660 0 0 #x,y,z,name,set,type 2 -4.203 -0.126 0.271 HydrogenCH4 0.165 0 0 3 -4.203 1.155 -1.010 HydrogenCH4 0.165 0 0 4 -4.203 1.624 0.740 HydrogenCH4 0.165 0 0 5 -2.724 0.885 0.000 HydrogenCH4 0.165 0 0 认为是刚性的，所以就这样计算了，但是计算报错： Note that the NOROTATE or NOTRANSFORM flags will prevent this I assume you want to have rigid insertion? Add the following in Molecule file for spc 1 Molecule_DOF: 6 degree of freedom should be 6 only, (5 for 2 atom, 3 for 1 atom) rigidmoves.F90 : 429 ERROR: DOF is greater than 6, insertions not correctly biased 不知道是什么原因？ |
回复此楼» 本帖已获得的红花（最新10朵）
aken5555» 猜你喜欢
今天系统多次维护，明天很可能放榜！
已经有5人回复
-
欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律
已经有74人回复
-
岩土工程学报什么时候才能终审完呐
已经有4人回复
-
时间戳又变了8-15
已经有25人回复
-
2027广东省杰青
已经有6人回复
-
快农历七夕节了，轻松一下，男人悄悄话，女施主请不要进来。
已经有3人回复
-
哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜？
已经有9人回复
-
咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否
已经有26人回复
-
我的国基提前知道中了，可是同事的操作让我实在接受不了，怎么会有这样的人
已经有16人回复
-
有时候，自然基金真的不能太认真 （我的申报经验）
已经有12人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 【求助】按照ICSD的数据在MS中建模遇到原子相距太近怎么处理?
已经有10人回复
- 生物信息学专题－生物版，医学版和信息科学版共同创建
已经有87人回复
3楼2014-12-07 11:56:16
chuntao118
新虫 (著名写手)
- 应助: 93 (初中生)
- 金币: 2590.9
- 散金: 1402
- 红花: 25
- 帖子: 1611
- 在线: 241.2小时
- 虫号: 1791567
- 注册: 2012-05-02
- 专业: 计算数学与科学工程计算
4楼2015-01-15 11:47:11
aken5555
木虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 3034.1
- 散金: 200
- 红花: 1
- 帖子: 387
- 在线: 57.4小时
- 虫号: 345700
- 注册: 2007-04-14
- 性别: GG
- 专业: 资源化工
5楼2020-02-07 16:42:19
