| 查看: 1701 | 回复: 7 | ||
lejiabo1103铜虫 (小有名气)
|
[求助]
ABINIT中的cut3d的使用 已有1人参与
|
|
大家好 有谁会使用abinit这个软件么，我遇到了一个问题，我现在已经利用abinit完成了计算，得到了一份非可读的pot 文件，需要通过cut3d 来转译成可读文件，但由于我是在batch上面运行的abinit，我无法在batch上面成功调用cut3d来转译我的文件  ，现在我也不确定是我文件的问题还是batch上面cut3d的问题，我已经把两份文件放在了下面，希望懂得人能帮我运行一下试验下 （当然最好能直接给我，我需要转译的就这两，选项14的cube file），当然也希望能够得到大家的一些建议，对于abinit，我也是个新手，刚开始用一个月，很多地方都在摸索过程中。 |
回复此楼» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : Pt_xo_POT
- 附件 2 : Pt_xo_TIM3_POT
2014-12-05 10:53:06, 4.76 M
2014-12-05 10:53:12, 1.01 M
» 猜你喜欢
所感
已经有3人回复
-
要不要辞职读博？
已经有7人回复
-
不自信的我
已经有11人回复
-
北核录用
已经有3人回复
-
实验室接单子
已经有3人回复
-
磺酰氟产物，毕不了业了！
已经有8人回复
-
求助:我三月中下旬出站，青基依托单位怎么办？
已经有10人回复
-
26申博（荧光探针方向，有机合成）
已经有4人回复
-
论文终于录用啦！满足毕业条件了
已经有26人回复
-
2026年机械制造与材料应用国际会议 （ICMMMA 2026）
已经有4人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 差分电荷图怎么画？
已经有3人回复
- abinit安装出错
已经有4人回复
- ABINIT实战手册
已经有9人回复
- origin画电荷密度等高图
已经有13人回复
- 如何用abinit画差分电荷密度
已经有3人回复
- 请问：如何l利用xcrysden画电荷密度
已经有5人回复
- 【求助】求助：安装abinit-6.2.3出现错误
已经有12人回复
- 【求助】Plugins problem when running "make"
已经有4人回复
- 【原创】ABINIT中CUT3D画电荷密度图
已经有64人回复
2楼2014-12-05 11:13:49
lejiabo1103
铜虫 (小有名气)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 34.9
- 散金: 30
- 红花: 1
- 帖子: 101
- 在线: 21.6小时
- 虫号: 1773507
- 注册: 2012-04-23
- 性别: GG
- 专业: 生化分析及生物传感
|
首先太感谢你这么及时的回复，我是在英国的计算超算中心Archer上面的做的计算, 里面的cut3d无法通过输入cut3d来调用，所以我就通过写了一个script来调用，具体的就在下面，但cut3d看起来无法读取这些文件啊，在第一步就停止了。 module load abinit # Move to directory that script was submitted from export PBS_O_WORKDIR=$(readlink -f $PBS_O_WORKDIR) cd $PBS_O_WORKDIR #aprun -n 576 cp2k.popt input.inp >> output.out aprun -n 24 cut3d < input.in > out What is the name of the 3D function (density, potential or wavef) file ? .Starting date : Fri 5 Dec 2014. - ( at 02h53 ) What is the name of the 3D function (density, potential or wavef) file ? What is the name of the 3D function (density, potential or wavef) file ? Does this file contain formatted 3D ASCII data (=0) or unformatted binary header + 3D data (=1) ? or ETSF binary (=2) ? 1 => Your file contains unformatted binary header + 3D data The information it contains should be sufficient. cut3d : read file Pt_xo_TIM3_POT from unit number 19. Application 12148632 exit codes: 24 Application 12148632 resources: utime ~0s, stime ~1s, Rss ~6160, inblocks ~21663, outblocks ~52210 |
3楼2014-12-05 11:42:41
4楼2014-12-05 11:58:27
lejiabo1103
铜虫 (小有名气)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 34.9
- 散金: 30
- 红花: 1
- 帖子: 101
- 在线: 21.6小时
- 虫号: 1773507
- 注册: 2012-04-23
- 性别: GG
- 专业: 生化分析及生物传感
5楼2014-12-05 14:06:57
6楼2014-12-05 14:36:11
lejiabo1103
铜虫 (小有名气)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 34.9
- 散金: 30
- 红花: 1
- 帖子: 101
- 在线: 21.6小时
- 虫号: 1773507
- 注册: 2012-04-23
- 性别: GG
- 专业: 生化分析及生物传感
7楼2014-12-06 00:17:54
8楼2022-05-04 15:11:18