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lejiabo1103铜虫 (小有名气)
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ABINIT中的cut3d的使用 已有1人参与
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大家好 有谁会使用abinit这个软件么，我遇到了一个问题，我现在已经利用abinit完成了计算，得到了一份非可读的pot 文件，需要通过cut3d 来转译成可读文件，但由于我是在batch上面运行的abinit，我无法在batch上面成功调用cut3d来转译我的文件  ，现在我也不确定是我文件的问题还是batch上面cut3d的问题，我已经把两份文件放在了下面，希望懂得人能帮我运行一下试验下 （当然最好能直接给我，我需要转译的就这两，选项14的cube file），当然也希望能够得到大家的一些建议，对于abinit，我也是个新手，刚开始用一个月，很多地方都在摸索过程中。 |
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- 附件 2 : Pt_xo_TIM3_POT
2014-12-05 10:53:06, 4.76 M
2014-12-05 10:53:12, 1.01 M
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2楼2014-12-05 11:13:49
lejiabo1103
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首先太感谢你这么及时的回复，我是在英国的计算超算中心Archer上面的做的计算, 里面的cut3d无法通过输入cut3d来调用，所以我就通过写了一个script来调用，具体的就在下面，但cut3d看起来无法读取这些文件啊，在第一步就停止了。 module load abinit # Move to directory that script was submitted from export PBS_O_WORKDIR=$(readlink -f $PBS_O_WORKDIR) cd $PBS_O_WORKDIR #aprun -n 576 cp2k.popt input.inp >> output.out aprun -n 24 cut3d < input.in > out What is the name of the 3D function (density, potential or wavef) file ? .Starting date : Fri 5 Dec 2014. - ( at 02h53 ) What is the name of the 3D function (density, potential or wavef) file ? What is the name of the 3D function (density, potential or wavef) file ? Does this file contain formatted 3D ASCII data (=0) or unformatted binary header + 3D data (=1) ? or ETSF binary (=2) ? 1 => Your file contains unformatted binary header + 3D data The information it contains should be sufficient. cut3d : read file Pt_xo_TIM3_POT from unit number 19. Application 12148632 exit codes: 24 Application 12148632 resources: utime ~0s, stime ~1s, Rss ~6160, inblocks ~21663, outblocks ~52210 |
3楼2014-12-05 11:42:41
4楼2014-12-05 11:58:27
lejiabo1103
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5楼2014-12-05 14:06:57
6楼2014-12-05 14:36:11
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7楼2014-12-06 00:17:54
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10