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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Abinit » ABINIT中的cut3d的使用
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lejiabo1103

铜虫 (小有名气)

[求助] ABINIT中的cut3d的使用 已有1人参与

大家好

有谁会使用abinit这个软件么，我遇到了一个问题，我现在已经利用abinit完成了计算，得到了一份非可读的pot 文件，需要通过cut3d 来转译成可读文件，但由于我是在batch上面运行的abinit，我无法在batch上面成功调用cut3d来转译我的文件 ，现在我也不确定是我文件的问题还是batch上面cut3d的问题，我已经把两份文件放在了下面，希望懂得人能帮我运行一下试验下 （当然最好能直接给我，我需要转译的就这两，选项14的cube file），当然也希望能够得到大家的一些建议，对于abinit，我也是个新手，刚开始用一个月，很多地方都在摸索过程中。
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  • 附件 1 : Pt_xo_POT
    • 2014-12-05 10:53:06, 4.76 M
  • 附件 2 : Pt_xo_TIM3_POT
    • 2014-12-05 10:53:12, 1.01 M

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I'mtheworld
1楼 2014-12-05 11:03:26
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KalaShayminS

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
ljw4010: 金币+2, 谢谢交流！ 2014-12-05 20:13:58
这个文件需要在生成的电脑上读取，为了防止不同电脑的格式不同。cut3d出了什么错误？
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2楼2014-12-05 11:13:49
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lejiabo1103

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by KalaShayminS at 2014-12-05 11:13:49
这个文件需要在生成的电脑上读取，为了防止不同电脑的格式不同。cut3d出了什么错误？

首先太感谢你这么及时的回复，我是在英国的计算超算中心Archer上面的做的计算, 里面的cut3d无法通过输入cut3d来调用，所以我就通过写了一个script来调用，具体的就在下面，但cut3d看起来无法读取这些文件啊，在第一步就停止了。

module load abinit
# Move to directory that script was submitted from
export PBS_O_WORKDIR=$(readlink -f $PBS_O_WORKDIR)
cd $PBS_O_WORKDIR

#aprun -n 576 cp2k.popt input.inp >> output.out

aprun -n 24 cut3d < input.in > out

What is the name of the 3D function (density, potential or wavef) file ?
.Starting date : Fri  5 Dec 2014.
- ( at 02h53 )

  What is the name of the 3D function (density, potential or wavef) file ?


  What is the name of the 3D function (density, potential or wavef) file ?
  Does this file contain formatted 3D ASCII data (=0)
   or unformatted binary header + 3D data        (=1) ?
   or ETSF binary                                (=2) ?
  1 => Your file contains unformatted binary header + 3D data
  The information it contains should be sufficient.
  cut3d : read file Pt_xo_TIM3_POT from unit number 19.

Application 12148632 exit codes: 24
Application 12148632 resources: utime ~0s, stime ~1s, Rss ~6160, inblocks ~21663, outblocks ~52210
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I'mtheworld
3楼2014-12-05 11:42:41
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KalaShayminS

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2014-12-07 17:06:25
引用回帖:
3楼: Originally posted by lejiabo1103 at 2014-12-05 11:42:41
首先太感谢你这么及时的回复，我是在英国的计算超算中心Archer上面的做的计算, 里面的cut3d无法通过输入cut3d来调用，所以我就通过写了一个script来调用，具体的就在下面，但cut3d看起来无法读取这些文件啊，在第一 ...

cut3d不用aprun -n 24这个部分，直接执行即可。
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4楼2014-12-05 11:58:27
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lejiabo1103

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by KalaShayminS at 2014-12-05 11:58:27
cut3d不用aprun -n 24这个部分，直接执行即可。...

不加的话无法调用啊

[Fri Dec  5 04:23:25 2014] [c0-1c0s0n1] Fatal error in MPI_Init: Other MPI error, error stack:
MPIR_Init_thread(449):
MPID_Init(145).......: channel initialization failed
MPID_Init(515).......:  PMI2 init failed: 1

不知道您能否帮我运行这两个文件试下呢？
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I'mtheworld
5楼2014-12-05 14:06:57
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KalaShayminS

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2014-12-07 17:06:32
引用回帖:
5楼: Originally posted by lejiabo1103 at 2014-12-05 14:06:57
不加的话无法调用啊

  Fatal error in MPI_Init: Other MPI error, error stack:
MPIR_Init_thread(449):
MPID_Init(145).......: channel initialization failed
MPID_Init(515).......:  PMI2 init failed ...

了解了，那么试试 -n 1
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6楼2014-12-05 14:36:11
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lejiabo1103

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by KalaShayminS at 2014-12-05 14:36:11
了解了，那么试试 -n 1...

这个我试过，确实也是不可以的，和最上面的那个错误差不多
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I'mtheworld
7楼2014-12-06 00:17:54
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dmxue

新虫 (初入文坛)
请问楼主现在解决这个问题了嘛？请问应该如何调用cut3d呢
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8楼2022-05-04 15:11:18
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