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隐刃之衅

木虫 (小有名气)

[求助] 求v2xsf软件。。。 已有1人参与

用于转化VASP输出文件的程序。
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
见附件!。
或者从该脚本工具的作者的主页下载,此作者的主页上还提供了许多其他的工具脚本:
https://sites.google.com/site/rachelbgetman/Home/resources/files

Scripts

    car2cssr -- converts Materials Studio car file to fractional coordinate cssr file
    car2mol -- converts Materials Studio car file to mol file
    catpdb2arc -- concatenates a pdb file to each image in a Materials Studio arc file
    commas -- inserts commas into VASP DOSCAR for parsing
    configure_XCrysDen_CRC -- installs XCrysDen on ND CRC computers (from ND CRC)
    coordrot -- rotates coordinate system in VASP POSCAR for DOS analysis
    gjf2car -- converts PBC Gaussian job file to Materials Studio car file
    gjf2cssr -- converts PBC Gaussian job file to fractional coordinates cssr file
    grabfreqs -- grabs frequencies from VASP OUTCAR
    in2im -- determines whether VASP INCAR is set for NEB or not
    makevibDOS -- estimates the DOS of frequencies from VASP OUTCAR
    mpdb2arc -- converts multi-image pdb file to Materials Studio arc file
    pmachfi -- similar to unix uniq
    posheights --
    procs_used_CRC -- checks user usage on CRC computers
    procs_used_NWICG -- checks user usage on ND NWICG computers
    scheights -- gives heights of adsorbates on a surface
    singxsf2pdb -- converts single image XCrysDen structure file to pdb file
    subvasp_CRC_080925 -- submits VASP on CRC computers
    subvasp_CRC_old
    subvasp_NWICG -- submits VASP on ND NWICG computers
    subvasp_PNNL -- submits VASP on PNNL computers
    subvasp_sand
    v2xsf -- converts VASP POSCAR to XCrysDen structure file (from XCrysDen website)
    vaspgeom -- parses VASP OUTCAR (from WFS research group)
    viewmep -- converts POSCAR images from NEB run to a single XDATCAR
    viewvibs -- converts frequencies in VASP OUTCAR to a single XDATCAR
    xsf2pdb -- converts multi-image XCrysDen structure file to pdb file

Software

    Birch-Murgnahan equation of state
        READTHIS
        fort.2
        murg.f

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  • 附件 1 : v2xsf
  • 2014-11-29 08:31:33, 16.95 K

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2014-11-29 08:33:17
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
隐刃之衅: 金币+30, ★★★★★最佳答案 2014-11-29 19:54:51
引用回帖:
2楼: Originally posted by valenhou001 at 2014-11-29 09:33:17
见附件!。
或者从该脚本工具的作者的主页下载,此作者的主页上还提供了许多其他的工具脚本:
https://sites.google.com/site/rachelbgetman/Home/resources/files

Scripts

    car2cssr -- converts Mater ...

上面的信息需要更正的是v2xsf的作者不是上一个帖子所提到的主页的主人。
v2xsf的作者是:Jens Kunstmann,可惜,此人的主页连接不上了。
3楼2014-11-29 08:38:53
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隐刃之衅

木虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by valenhou001 at 2014-11-29 08:33:17
见附件!。
或者从该脚本工具的作者的主页下载,此作者的主页上还提供了许多其他的工具脚本:
https://sites.google.com/site/rachelbgetman/Home/resources/files

Scripts

    car2cssr -- converts Mater ...

你好,你能说一下怎么运行v2xsf吗?我把CONTCAR和v2xsf放在一个文件下,然后运行./v2xsf.显示:ERROR:cannot read data in file CINTCAR.
.....
4楼2014-11-29 14:31:50
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 隐刃之衅 at 2014-11-29 15:31:50
你好,你能说一下怎么运行v2xsf吗?我把CONTCAR和v2xsf放在一个文件下,然后运行./v2xsf.显示:ERROR:cannot read data in file CINTCAR....

这个v2xsf不支持vasp5.x的CONTCAR和POSCAR,因为vasp5.x在这两个文件中增加了一行以写出每类原子的元素名。你将这一行删掉就可以了。
你遇到的错误因为你的CONTCAR是vasp5.x 产生的。
v2xsf   CONTCAR
它将产生CONTCAR.xsf.gz,然后gzip -d CONTCAR.xsf.gz就去掉了.gz后缀。
将CONTCAR.xsf里有关原子坐标所在行的第一列数字,可能是1,  2, 3, ..., n(n为原子的种类数),将它们分别改为元素名之后,再运行命令xcrysden -xsf   CONTCAR.xsf来显示。
5楼2014-11-29 17:09:18
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

如果你还遇到问题,强烈建议你到xcrysden的主页上看看有关.xsf格式文件的说明。
6楼2014-11-29 17:13:43
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