| 查看: 1845 | 回复: 11 | ||||
| 当前主题已经存档。 | ||||
[交流]
【求助】gaussian03 计算中虚频的处理
|
||||
| 在优化有机物的结构式过程中，发现四个条件都满足了，然后在计算频率的过程中，有虚频出现。一个是N－H的弯曲振动，一个是甲基上C－H键的弯曲振动。虚频都不大，请问怎么消除虚频？ |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 理论化学计算知识 |
» 猜你喜欢
淮北师范大学 化学与化工科学学院2026年硕士研究生招生 调剂信息公告
已经有1人回复
-
淮北师范大学 化学与化工科学学院 电催化课题组还有1名硕士研究生招生名额
已经有0人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有98人回复
-
化学相关硕士研究生招收调剂-湖北师范大学 （快来捡漏，最新调剂信息，过国家线即可）
已经有1人回复
-
河南理工大学化学化工学院招收学硕调剂生
已经有0人回复
-
黑龙江科技大学化工 环境工程调剂
已经有22人回复
-
图书求助：Fluorescent Probes for Bioactive Species: Design
已经有0人回复
-
莆田学院环境与生物工程学院资源与环境专硕（环境工程方向） 开放调剂招生
已经有12人回复
-
浙江海洋大学石油化工与环境学院招收工科调剂生（学硕、专硕均可，线上面试）
已经有0人回复
-
浙江海洋大学石油化工学院接收工科调剂（学硕、专硕均可，近期线上面试）
已经有8人回复
-
浙江海洋大学石油与天然气工程专业接收工科调剂（13日早上截止，线上面试）
已经有0人回复
leongxf
银虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 464.5
- 散金: 1
- 帖子: 30
- 在线: 6.2小时
- 虫号: 490352
- 注册: 2008-01-03
- 专业: 金属材料的合金相、相变及
★ ★ ★ ★ ★ ★
majun04(金币+1,VIP+0):谢谢你
lei0736(金币+5,VIP+0):谢谢
majun04(金币+1,VIP+0):谢谢你
lei0736(金币+5,VIP+0):谢谢
|
优化得到虚频，消虚频的方法，就是根据虚频对应的振动位移(输出文件每一个频率下面都有一个类似坐标的3列数值，给出的就是每个原子在这个振动频率时候的移动方式)，把这些位移，乘以一个适当大小的因子，直接和原来平衡构型相加，就得到新的构型了。 举例说明： #HF/3-21G opt freq test 0 2 H 0.0 0.0 0.0 H 0.0 0.0 1.0 H 0.0 0.0 -1.0 上面的计算，是优化一个 H-H-H的直线构型然后算频率。我们知道，3个H的稳定构型，应该是一个H2分子，加上一个H原子。但是由于我们输入的时候，中间H原子两边的H的键长相等，因此，在这个对称性的限制下，结果给出的“稳定构型”是： H 0.000000 0.000000 0.000000 H 0.000000 0.000000 0.934091 H 0.000000 0.000000 -0.934091 频率分析，有一个虚频： 1 2 3 SGU PIU PIU Frequencies -- -2291.1909 1121.1486 1121.1486 Red. masses -- 1.0078 1.0078 1.0078 Frc consts -- 3.1172 0.7464 0.7464 IR Inten -- 42.9706 8.8167 8.8167 Raman Activ -- 0.0000 0.0000 0.0000 Depolar (P) -- 0.0000 0.0000 0.0000 Depolar (U) -- 0.0000 0.0000 0.0000 Atom AN X Y Z X Y Z X Y Z 1 1 0.00 0.00 0.82 0.82 0.03 0.00 -0.03 0.82 0.00 2 1 0.00 0.00 -0.41 -0.41 -0.02 0.00 0.02 -0.41 0.00 3 1 0.00 0.00 -0.41 -0.41 -0.02 0.00 0.02 -0.41 0.00 第一个是虚频。可以看出，其振动模式是：中间的H的z坐标变大，两边的两个H的z坐标变小，（然后是中间的H的z坐标变小，两边的H的z坐标变大，完成一次振动），这个如果还不清楚，画一下图就知道了。 现在，我们就把原来的坐标，加上振动模式对应的坐标： H 0.000000 0.000000 0.000000 H 0.000000 0.000000 0.934091 ＋ H 0.000000 0.000000 -0.934091 0.00 0.00 0.82 0.00 0.00 -0.41 0.00 0.00 -0.41 直接加的结果，是 H 0.000000 0.000000 0.820000 H 0.000000 0.000000 0.524091 H 0.000000 0.000000 -1.344091 画图知道，显然对原来的构型，变化太多了。对这个例子，如果取一个系数0.1乘以振动坐标，再求和，那么结果就是： H 0.000000 0.000000 0.082000 H 0.000000 0.000000 0.893091 H 0.000000 0.000000 -0.975091 显然就合理多了。用这个坐标去重新优化，就可以得到真正的没有虚频的稳定结构了。 这个系数0.1，只是个经验的数值，对于不同体系，可以自己设定。设置过小，会得到同样的虚频，设置过大，可能会得到别的构型（当然也可能碰巧得到更好的构型）。 频率分析只能在势能面的稳定点进行，这样，频率分析就必须在已经优化好的结构上进行。频率分析的另外一个用处是判断稳定点的本质。稳定点表述的是在势能面上力为零的点，它即可能是极小值，也可能是鞍点。极小值在势能面的各个方向都是极小的。而鞍点则是在某些方向上是极小的，但在某一个方向上是极大的，因为鞍点是连接两个极小值的点。有关鞍点的信息: 1.负的频率2.频率相应简正振动的模式 当一个结构产生负的振动频率时，可以表明在该振动方向可能存在着能量更低的结构。判断所得鞍点是不是需要的鞍点的方法，就是察看它的简正振动模式，分析是不是可以导向所需要的产物或反应物。进一步的，更好的办法是通过IRC计算来判断反应物，产物与得到的鞍点是否有关系。 |
6楼2008-05-16 12:27:36
cuihang
铁杆木虫 (正式写手)
VASPer
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 7507.1
- 散金: 17
- 红花: 2
- 帖子: 697
- 在线: 78.5小时
- 虫号: 447551
- 注册: 2007-11-01
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
★ ★ ★
majun04(金币+1,VIP+0):谢谢你
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
majun04(金币+1,VIP+0):谢谢你
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
2楼2008-05-16 09:11:11
cuihang
铁杆木虫 (正式写手)
VASPer
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 7507.1
- 散金: 17
- 红花: 2
- 帖子: 697
- 在线: 78.5小时
- 虫号: 447551
- 注册: 2007-11-01
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
3楼2008-05-16 09:31:10
4楼2008-05-16 09:33:28
5楼2008-05-16 10:11:08
7楼2008-05-16 13:04:33
hairan
木虫 (著名写手)
瞌睡木虫
- QC强帖: 3
- 应助: 61 (初中生)
- 贵宾: 1.06
- 金币: 4974.3
- 散金: 8072
- 红花: 44
- 帖子: 2901
- 在线: 733.4小时
- 虫号: 432069
- 注册: 2007-08-12
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
8楼2008-05-17 14:59:27
9楼2008-05-17 15:13:13
hairan
木虫 (著名写手)
瞌睡木虫
- QC强帖: 3
- 应助: 61 (初中生)
- 贵宾: 1.06
- 金币: 4974.3
- 散金: 8072
- 红花: 44
- 帖子: 2901
- 在线: 733.4小时
- 虫号: 432069
- 注册: 2007-08-12
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
10楼2008-05-18 13:50:20
