24小时热门版块排行榜    

查看: 1698  |  回复: 11
当前主题已经存档。
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

majun04

木虫 (著名写手)

majun

[交流] 【求助】gaussian03 计算中虚频的处理

在优化有机物的结构式过程中,发现四个条件都满足了,然后在计算频率的过程中,有虚频出现。一个是N-H的弯曲振动,一个是甲基上C-H键的弯曲振动。虚频都不大,请问怎么消除虚频?
回复此楼
乐观、执着、勤奋
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

leongxf

银虫 (初入文坛)

★ ★ ★ ★ ★ ★
majun04(金币+1,VIP+0):谢谢你
lei0736(金币+5,VIP+0):谢谢
优化得到虚频,消虚频的方法,就是根据虚频对应的振动位移(输出文件每一个频率下面都有一个类似坐标的3列数值,给出的就是每个原子在这个振动频率时候的移动方式),把这些位移,乘以一个适当大小的因子,直接和原来平衡构型相加,就得到新的构型了。

举例说明:

#HF/3-21G opt freq

test

0 2
H 0.0 0.0  0.0
H 0.0 0.0  1.0
H 0.0 0.0 -1.0

上面的计算,是优化一个 H-H-H的直线构型然后算频率。我们知道,3个H的稳定构型,应该是一个H2分子,加上一个H原子。但是由于我们输入的时候,中间H原子两边的H的键长相等,因此,在这个对称性的限制下,结果给出的“稳定构型”是:
   H           0.000000    0.000000    0.000000
   H           0.000000    0.000000    0.934091
   H           0.000000    0.000000   -0.934091
频率分析,有一个虚频:

                    1                      2                      3
                   SGU                    PIU                    PIU
Frequencies -- -2291.1909              1121.1486              1121.1486
Red. masses --     1.0078                 1.0078                 1.0078
Frc consts  --     3.1172                 0.7464                 0.7464
IR Inten    --    42.9706                 8.8167                 8.8167
Raman Activ --     0.0000                 0.0000                 0.0000
Depolar (P) --     0.0000                 0.0000                 0.0000
Depolar (U) --     0.0000                 0.0000                 0.0000
Atom AN      X      Y      Z        X      Y      Z        X      Y      Z
  1   1     0.00   0.00   0.82     0.82   0.03   0.00    -0.03   0.82   0.00
  2   1     0.00   0.00  -0.41    -0.41  -0.02   0.00     0.02  -0.41   0.00
  3   1     0.00   0.00  -0.41    -0.41  -0.02   0.00     0.02  -0.41   0.00

第一个是虚频。可以看出,其振动模式是:中间的H的z坐标变大,两边的两个H的z坐标变小,(然后是中间的H的z坐标变小,两边的H的z坐标变大,完成一次振动),这个如果还不清楚,画一下图就知道了。

现在,我们就把原来的坐标,加上振动模式对应的坐标:

   H           0.000000    0.000000    0.000000
   H           0.000000    0.000000    0.934091  +
   H           0.000000    0.000000   -0.934091

   0.00   0.00   0.82   
   0.00   0.00  -0.41      0.00   0.00  -0.41   直接加的结果,是
   H           0.000000    0.000000    0.820000
   H           0.000000    0.000000    0.524091
   H           0.000000    0.000000   -1.344091

画图知道,显然对原来的构型,变化太多了。对这个例子,如果取一个系数0.1乘以振动坐标,再求和,那么结果就是:

   H           0.000000    0.000000    0.082000
   H           0.000000    0.000000    0.893091
   H           0.000000    0.000000   -0.975091

显然就合理多了。用这个坐标去重新优化,就可以得到真正的没有虚频的稳定结构了。
这个系数0.1,只是个经验的数值,对于不同体系,可以自己设定。设置过小,会得到同样的虚频,设置过大,可能会得到别的构型(当然也可能碰巧得到更好的构型)。


频率分析只能在势能面的稳定点进行,这样,频率分析就必须在已经优化好的结构上进行。频率分析的另外一个用处是判断稳定点的本质。稳定点表述的是在势能面上力为零的点,它即可能是极小值,也可能是鞍点。极小值在势能面的各个方向都是极小的。而鞍点则是在某些方向上是极小的,但在某一个方向上是极大的,因为鞍点是连接两个极小值的点。有关鞍点的信息:
1.负的频率2.频率相应简正振动的模式

当一个结构产生负的振动频率时,可以表明在该振动方向可能存在着能量更低的结构。判断所得鞍点是不是需要的鞍点的方法,就是察看它的简正振动模式,分析是不是可以导向所需要的产物或反应物。进一步的,更好的办法是通过IRC计算来判断反应物,产物与得到的鞍点是否有关系。
6楼2008-05-16 12:27:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答

cuihang

铁杆木虫 (正式写手)

VASPer

★ ★ ★
majun04(金币+1,VIP+0):谢谢你
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
聪明人知道自己是傻子,傻子以为自己是聪明人
2楼2008-05-16 09:11:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cuihang

铁杆木虫 (正式写手)

VASPer

虽然说的是98中的情况,但是大概原理差不多吧
聪明人知道自己是傻子,傻子以为自己是聪明人
3楼2008-05-16 09:31:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

majun04

木虫 (著名写手)

majun

有的时候觉得讲的太泛泛了,对于初学者具体实施起来很困难。
乐观、执着、勤奋
4楼2008-05-16 09:33:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
信息提示
请填处理意见