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为什么比对时同源性98%以上，而做进化树时值却很低？ 已有1人参与
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测了接近两百条16S rDNA序列，用MUTHOR分了OTU，100+个，拿OTU的代表序列在NCBI上进行BLAST，以最高同源性参考序列（同源性都>97%）和代表序列构建进化树，出来的树很奇怪，值还甚至低到1的。求解？ PS：构建进化树前已经将两端剪平了的。 |
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3楼2014-11-19 09:25:14
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
laozuzunzhe: 金币+2, 鼓励交流 2014-11-19 09:09:35
晶晶梁: 金币+5, ★有帮助 2014-11-19 09:26:01
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晶晶梁: 金币+5, ★有帮助 2014-11-19 09:26:01
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你做的基本上都是对的，但是你知道序列与序列之间的长度一致吗？我之前也遇到过此类问题，但把所有序列的长度都弄到差不多的时候发育树就成了。希望对你有用，顺便问一下你知道binary index怎么计算相似性吗？ 这是我的投稿专家给我的意见，你会做吗？互帮互助吧。To this end, the authors could compute the binary index of similarity between the two sampling dates, based on presence-absence of the taxonomic units (e.g. Dice index). Other indices like taxonomic distinctness may be useful (http://folk.uio.no/ohammer/past/) |
2楼2014-11-18 11:07:32
4楼2015-05-18 15:35:09