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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 分类/鉴定 » 为什么比对时同源性98%以上，而做进化树时值却很低？
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晶晶梁

新虫 (小有名气)

[求助] 为什么比对时同源性98%以上，而做进化树时值却很低？ 已有1人参与

测了接近两百条16S rDNA序列，用MUTHOR分了OTU，100+个，拿OTU的代表序列在NCBI上进行BLAST，以最高同源性参考序列（同源性都>97%）和代表序列构建进化树，出来的树很奇怪，值还甚至低到1的。求解？
PS：构建进化树前已经将两端剪平了的。
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1楼 2014-11-18 09:39:21
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youqiweigan

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
laozuzunzhe: 金币+2, 鼓励交流 2014-11-19 09:09:35
晶晶梁: 金币+5, ★有帮助 2014-11-19 09:26:01
你做的基本上都是对的，但是你知道序列与序列之间的长度一致吗？我之前也遇到过此类问题，但把所有序列的长度都弄到差不多的时候发育树就成了。希望对你有用，顺便问一下你知道binary index怎么计算相似性吗？
这是我的投稿专家给我的意见，你会做吗？互帮互助吧。To this end, the   authors could compute the binary index of similarity between the two sampling dates, based on presence-absence of the taxonomic units (e.g. Dice index). Other indices like taxonomic distinctness may be useful (http://folk.uio.no/ohammer/past/)
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2楼2014-11-18 11:07:32
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晶晶梁

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by youqiweigan at 2014-11-18 11:07:32
你做的基本上都是对的，但是你知道序列与序列之间的长度一致吗？我之前也遇到过此类问题，但把所有序列的长度都弄到差不多的时候发育树就成了。希望对你有用，顺便问一下你知道binary index怎么计算相似性吗？
这是 ...

谢谢解答，我后面有补充说构建进化树之前已经将两端切齐了，是我说的不清楚，就是已经将序列都切成差不多一样长了，除了序列中间有间隔外。但是出来的结果还是那样不好，就很纳闷了。
另外，你说的binary index，我不大懂哎，不好意思。我只会机械的按照步骤做进化树。你上网查也没有知道的吗？
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3楼2014-11-19 09:25:14
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123q明

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 晶晶梁 at 2014-11-19 09:25:14
谢谢解答，我后面有补充说构建进化树之前已经将两端切齐了，是我说的不清楚，就是已经将序列都切成差不多一样长了，除了序列中间有间隔外。但是出来的结果还是那样不好，就很纳闷了。
另外，你说的binary index， ...

我现在也遇到同样的问题，一直没办法解决，这是我的扣扣1039061650.能跟你交流一下么
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4楼2015-05-18 15:35:09
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