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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】gaussian03 优化无水醋酸锌结构遇到问题
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majun04

木虫 (著名写手)

majun

[交流] 【求助】gaussian03 优化无水醋酸锌结构遇到问题

用gaussian03对无水醋酸锌的结构式进行优化，从chemfinder上查找的结构式参数，然后输入的初始参数。初始的是锌离子配位的四个氧原子平面结构的，可是优化以后发现四个氧原子成了正四面体配位形式。现在请教大家，怎么回事？
chemfinder是剑桥的权威数据库啊，给的结构式有问题，还是我计算有问题？
诸位谁知道无水醋酸锌的配位结构（参考文献报道）？

比较着急，请高手赐教！
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1楼 2008-05-12 23:18:39
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majun04

木虫 (著名写手)

majun
我还想问问，我在优化金属络合物结构式的时候发现，四个常数都显示yes后，优化结束了。如下：
         Item               Value     Threshold  Converged?
Maximum Force            0.000413     0.000450     YES
RMS     Force            0.000090     0.000300     YES
Maximum Displacement     0.000703     0.001800     YES
RMS     Displacement     0.000144     0.001200     YES
Predicted change in Energy=-3.795452D-07
Optimization completed.
    -- Stationary point found.
后面给出了优化参数，但是到文件的最后怎么又有如下显示：
         Item               Value     Threshold  Converged?
Maximum Force            0.000413     0.000450     YES
RMS     Force            0.000090     0.000300     YES
Maximum Displacement     0.027495     0.001800     NO
RMS     Displacement     0.007507     0.001200     NO
Predicted change in Energy=-4.996581D-06
GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad

请问收敛的标准是什么？是不是就是那四个参数全部为yes，还是最重要的力的均方根参数为yes就可以了？
计算稳定态的时候，是不是光看没有虚频出现还不可以，还要看四个参数是否全yes，还是在这个时候保证力的均方根为yes就可以了？
谢谢！
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乐观、执着、勤奋
8楼2008-05-13 13:38:24
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zzgyb

荣誉版主 (文坛精英)

小木虫警察局局长

优秀版主
★ ★ ★ ★ ★
majun04(金币+2,VIP+0):谢谢你
csfn(金币+3,VIP+0):3q
引用回帖:
用gaussian03对无水醋酸锌的结构式进行优化，从chemfinder上查找的结构式参数，然后输入的初始参数。初始的是锌离子配位的四个氧原子平面结构的，可是优化以后发现四个氧原子成了正四面体配位形式。

这个你说的比较笼统，应为醋酸锌也有很多种结构，不知道你有画的是什么结构
是晶体结构，还是其他的什么结构
在就是如果计算的是晶体结构
GS03有些算法是不适宜计算晶体结构的，所以其结果会不正确也是有的

再就是有时一些结构也可能是亚稳状态结构，所以有时优化计算会出现一个更稳定地状态。
引用回帖:
chemfinder是剑桥的权威数据库啊，给的结构式有问题，还是我计算有问题？

数据库里的数据应该都是正确地
没看到你的计算设置
所以无法确定你的计算设置是否正确


建议你最好把你的收入文件和输出结果贴出来
这样大家看到具体的东西才好分析
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2楼2008-05-13 10:43:54
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majun04

木虫 (著名写手)

majun

我的输入文件：

zzgyb(金币+0,VIP+0):你金币那么少，不用给我金币，我不在乎金币！
%chk=ZnAc2.chk
%mem=200MW
%nproc=2
# opt freq rb3lyp/6-31g(d) guess=save geom=connectivity

ZnAc2

0 1
C
O                  1              B1
O                  1              B2    2              A1
Zn                 1              B3    2              A2    3              D1
C                  4              B4    1              A3    2              D2
O                  3              B5    1              A4    4              D3
O                  2              B6    1              A5    4              D4
C                  5              B7    4              A6    1              D5
H                  8              B8    5              A7    4              D6
H                  8              B9    5              A8    4              D7
H                  8             B10    5              A9    4              D8
C                  1             B11    4             A10    5              D9
H                 12             B12    1             A11    4             D10
H                 12             B13    1             A12    4             D11
H                 12             B14    1             A13    4             D12

   B1             1.25840000
   B2             1.43000000
   B3             1.18834558
   B4             1.19005572
   B5             1.06139985
   B6             1.01008332
   B7             1.54000000
   B8             1.07000000
   B9             1.07000000
   B10            1.07000000
   B11            1.54000000
   B12            1.07000000
   B13            1.07000000
   B14            1.07000000
   A1           120.00000000
   A2            60.44245979
   A3           178.62491709
   A4           115.23951848
   A5           124.86307757
   A6           176.91960431
   A7           109.47120255
   A8           109.47120255
   A9           109.47123134
   A10          179.55754021
   A11          109.47120255
   A12          109.47120255
   A13          109.47123134
   D1             0.00000000
   D2           180.00000000
   D3             0.00000000
   D4             0.00000000
   D5           180.00000000
   D6           -60.00010740
   D7            59.99990740
   D8           180.00000000
   D9             0.00000000
   D10          -60.11110740
   D11           59.88890740
   D12          179.88890000
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乐观、执着、勤奋
3楼2008-05-13 10:50:28
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majun04

木虫 (著名写手)

majun

我得到的输出文件：

-----
ZnAc2
-----
Symbolic Z-matrix:
Charge =  0 Multiplicity = 1
C
O                    1    B1
O                    1    B2       2    A1
Zn                   1    B3       2    A2       3    D1       0
C                    4    B4       1    A3       2    D2       0
O                    3    B5       1    A4       4    D3       0
O                    2    B6       1    A5       4    D4       0
C                    5    B7       4    A6       1    D5       0
H                    8    B8       5    A7       4    D6       0
H                    8    B9       5    A8       4    D7       0
H                    8    B10      5    A9       4    D8       0
C                    1    B11      4    A10      5    D9       0
H                    12   B12      1    A11      4    D10      0
H                    12   B13      1    A12      4    D11      0
H                    12   B14      1    A13      4    D12      0
       Variables:
  B1                    1.2584                  
  B2                    1.43                     
  B3                    1.18835                  
  B4                    1.19006                  
  B5                    1.0614                  
  B6                    1.01008                  
  B7                    1.54                     
  B8                    1.07                     
  B9                    1.07                     
  B10                   1.07                     
  B11                   1.54                     
  B12                   1.07                     
  B13                   1.07                     
  B14                   1.07                     
  A1                  120.                       
  A2                   60.44246                  
  A3                  178.62492                  
  A4                  115.23952                  
  A5                  124.86308                  
  A6                  176.9196                  
  A7                  109.4712                  
  A8                  109.4712                  
  A9                  109.47123                  
  A10                 179.55754                  
  A11                 109.4712                  
  A12                 109.4712                  
  A13                 109.47123                  
  D1                    0.                       
  D2                  180.                       
  D3                    0.                       
  D4                    0.                       
  D5                  180.                       
  D6                  -60.00011                  
  D7                   59.99991                  
  D8                  180.                       
  D9                    0.                       
  D10                 -60.11111                  
  D11                  59.88891                  
  D12                 179.8889                  

     6 tetrahedral angles replaced.

。。。。。。。。。。。。。。。
         Item               Value     Threshold  Converged?
Maximum Force            0.000458     0.000450     NO
RMS     Force            0.000111     0.000300     YES
Maximum Displacement     0.047214     0.001800     NO
RMS     Displacement     0.008991     0.001200     NO
Predicted change in Energy=-3.978829D-06
Optimization stopped.
    -- Number of steps exceeded,  NStep= 100
    -- Flag reset to prevent archiving.

。。。。。。。。。

TRUST EVERYONE, BUT CUT THE CARDS.
Error termination request processed by link 9999.
Error termination via Lnk1e in /home/majun/gaussian03/g03/l9999.exe at Mon May 12 18:48:03 2008.
Job cpu time:  0 days  4 hours  3 minutes 49.4 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=     25 Int=      0 D2E=      0 Chk=      9 Scr=      1
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乐观、执着、勤奋
4楼2008-05-13 10:53:16
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