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【求助】gaussian03 优化无水醋酸锌结构遇到问题
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用gaussian03对无水醋酸锌的结构式进行优化，从chemfinder上查找的结构式参数，然后输入的初始参数。初始的是锌离子配位的四个氧原子平面结构的，可是优化以后发现四个氧原子成了正四面体配位形式。现在请教大家，怎么回事？ chemfinder是剑桥的权威数据库啊，给的结构式有问题，还是我计算有问题？ 诸位谁知道无水醋酸锌的配位结构（参考文献报道）？ 比较着急，请高手赐教！ |
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zzgyb
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2楼2008-05-13 10:43:54
我的输入文件：
zzgyb(金币+0,VIP+0):你金币那么少，不用给我金币，我不在乎金币！
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%chk=ZnAc2.chk %mem=200MW %nproc=2 # opt freq rb3lyp/6-31g(d) guess=save geom=connectivity ZnAc2 0 1 C O 1 B1 O 1 B2 2 A1 Zn 1 B3 2 A2 3 D1 C 4 B4 1 A3 2 D2 O 3 B5 1 A4 4 D3 O 2 B6 1 A5 4 D4 C 5 B7 4 A6 1 D5 H 8 B8 5 A7 4 D6 H 8 B9 5 A8 4 D7 H 8 B10 5 A9 4 D8 C 1 B11 4 A10 5 D9 H 12 B12 1 A11 4 D10 H 12 B13 1 A12 4 D11 H 12 B14 1 A13 4 D12 B1 1.25840000 B2 1.43000000 B3 1.18834558 B4 1.19005572 B5 1.06139985 B6 1.01008332 B7 1.54000000 B8 1.07000000 B9 1.07000000 B10 1.07000000 B11 1.54000000 B12 1.07000000 B13 1.07000000 B14 1.07000000 A1 120.00000000 A2 60.44245979 A3 178.62491709 A4 115.23951848 A5 124.86307757 A6 176.91960431 A7 109.47120255 A8 109.47120255 A9 109.47123134 A10 179.55754021 A11 109.47120255 A12 109.47120255 A13 109.47123134 D1 0.00000000 D2 180.00000000 D3 0.00000000 D4 0.00000000 D5 180.00000000 D6 -60.00010740 D7 59.99990740 D8 180.00000000 D9 0.00000000 D10 -60.11110740 D11 59.88890740 D12 179.88890000 |
3楼2008-05-13 10:50:28
我得到的输出文件：
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----- ZnAc2 ----- Symbolic Z-matrix: Charge = 0 Multiplicity = 1 C O 1 B1 O 1 B2 2 A1 Zn 1 B3 2 A2 3 D1 0 C 4 B4 1 A3 2 D2 0 O 3 B5 1 A4 4 D3 0 O 2 B6 1 A5 4 D4 0 C 5 B7 4 A6 1 D5 0 H 8 B8 5 A7 4 D6 0 H 8 B9 5 A8 4 D7 0 H 8 B10 5 A9 4 D8 0 C 1 B11 4 A10 5 D9 0 H 12 B12 1 A11 4 D10 0 H 12 B13 1 A12 4 D11 0 H 12 B14 1 A13 4 D12 0 Variables: B1 1.2584 B2 1.43 B3 1.18835 B4 1.19006 B5 1.0614 B6 1.01008 B7 1.54 B8 1.07 B9 1.07 B10 1.07 B11 1.54 B12 1.07 B13 1.07 B14 1.07 A1 120. A2 60.44246 A3 178.62492 A4 115.23952 A5 124.86308 A6 176.9196 A7 109.4712 A8 109.4712 A9 109.47123 A10 179.55754 A11 109.4712 A12 109.4712 A13 109.47123 D1 0. D2 180. D3 0. D4 0. D5 180. D6 -60.00011 D7 59.99991 D8 180. D9 0. D10 -60.11111 D11 59.88891 D12 179.8889 6 tetrahedral angles replaced. 。。。。。。。。。。。。。。。 Item Value Threshold Converged? Maximum Force 0.000458 0.000450 NO RMS Force 0.000111 0.000300 YES Maximum Displacement 0.047214 0.001800 NO RMS Displacement 0.008991 0.001200 NO Predicted change in Energy=-3.978829D-06 Optimization stopped. -- Number of steps exceeded, NStep= 100 -- Flag reset to prevent archiving. 。。。。。。。。。 TRUST EVERYONE, BUT CUT THE CARDS. Error termination request processed by link 9999. Error termination via Lnk1e in /home/majun/gaussian03/g03/l9999.exe at Mon May 12 18:48:03 2008. Job cpu time: 0 days 4 hours 3 minutes 49.4 seconds. File lengths (MBytes): RWF= 25 Int= 0 D2E= 0 Chk= 9 Scr= 1 |
4楼2008-05-13 10:53:16
5楼2008-05-13 10:53:50
6楼2008-05-13 11:00:30
zzgyb
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7楼2008-05-13 11:19:00
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我还想问问，我在优化金属络合物结构式的时候发现，四个常数都显示yes后，优化结束了。如下： Item Value Threshold Converged? Maximum Force 0.000413 0.000450 YES RMS Force 0.000090 0.000300 YES Maximum Displacement 0.000703 0.001800 YES RMS Displacement 0.000144 0.001200 YES Predicted change in Energy=-3.795452D-07 Optimization completed. -- Stationary point found. 后面给出了优化参数，但是到文件的最后怎么又有如下显示： Item Value Threshold Converged? Maximum Force 0.000413 0.000450 YES RMS Force 0.000090 0.000300 YES Maximum Displacement 0.027495 0.001800 NO RMS Displacement 0.007507 0.001200 NO Predicted change in Energy=-4.996581D-06 GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad 请问收敛的标准是什么？是不是就是那四个参数全部为yes，还是最重要的力的均方根参数为yes就可以了？ 计算稳定态的时候，是不是光看没有虚频出现还不可以，还要看四个参数是否全yes，还是在这个时候保证力的均方根为yes就可以了？ 谢谢！ |
8楼2008-05-13 13:38:24
zzgyb
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majun04(金币+2,VIP+0):谢谢你
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优化结构首先是看四个GS默认的收敛标准（当然如果需要可以修改） 这四个标准达到了，只能说是优化结构成功了 分析频率主要看结构的稳定性 当然也可以使用stable关键词判断 至于你的优化，开始四个标准已经满足要求了 不知又来怎么会出现条件有不满足了，按道理满足条件后应该就停止SCF计算了 而且从能量上看，后面出现的结构也不是稳定的，应为他的能量比四个标准满足结构能量高很多 见你仔细看看你计算的过程，同时通过GSV看看优化过程结构的变化 看看每一个结构对应的能量变化 这样就能分析出你的稳定结构 GS的采用不同的算法，计算出的结构可能和实验数据有差别 建议你才能四个条件都满足后的结构哦数据在进行一次结构优化计算 你的计算有问题后 就要简化你的计算 不要一下完成那么计算 分开计算比较好，这样容易找到出错的原因 |
9楼2008-05-13 13:59:12
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昨天计算的时候发现，在结果的中间四个条件中两个yes后，有的条件变成no了。然后就采用你说的办法，提取两个yes的的循环步骤，再进行优化，经过更长时间的计算发现四个条件全变成no了，这是怎么回事？ 今天的计算结果四个条件出现yes是在： Step number 84 out of a maximum of 99 今天的四个条件都满足了，gaussian应该停止计算输出结果了，可是为什么，还要计算？ 在四个条件前面一点的地方，文件如此显示： GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad Berny optimization. Internal Forces: Max 0.000413381 RMS 0.000089656 Search for a local minimum. Step number 1 out of a maximum of 2 All quantities printed in internal units (Hartrees-Bohrs-Radians) 又得到不稳定的状态了？并且得到了不稳定的状态后，文件最后还是正常结束了： Time has a wonderful way of weeding out the trivial. -- Richard Ben Sapir Job cpu time: 0 days 0 hours 22 minutes 58.0 seconds. File lengths (MBytes): RWF= 73 Int= 0 D2E= 0 Chk= 9 Scr= 1 Normal termination of Gaussian 03 at Tue May 13 12:31:30 2008. |
10楼2008-05-13 14:20:34