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gujm516

金虫 (小有名气)

[资源] Mercury软件中关于平面的二个计算

Mercury软件中关于平面的二个计算

一. 定义平面
1. 打开Mercury软件。
2. 调用CIF文件（res、pdb文件都可以）。
3. 选择Calculate功能栏里的planes。
4. 点击 "New Plane"。
5. 在最下方的Colour里选择一种颜色（选好后点击OK）。
6. 在Hg图里逐个点击组成平面的原子。
7. 全部选好后点击OK，在Hg图面上一个平面就产生了。
8. 重复上面第4、5、6、7步，产生新的平面（但要注意换颜色）。
9. 全部平面都制定好后点击"Close",则可以开始计算了。

二.计算平面关系
1. 在Mercury软件的右上方"Picking Mode"栏中选择。
2. 计算平面间距选"Measure Distance"
3. 计算平面交角（二面角）选择"Measure Angle"
4. 注意
   a) 计算出的角度都是锐角，可根据自己的需要适时换算成钝角。
   b) Mercury软件计算得到的距离和角度都不带偏差，
      可根据CIF中的平均偏差估计一个适当的偏差值。

三.结束。欢迎大家补充指正。
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1楼 2008-05-12 22:06:41
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crystalsnet

新虫 (正式写手)
能给大家介绍一下MERCURY中对平面方程的计算和表达吗？
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2楼2008-05-14 01:45:17
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垂直极限

木虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

谢谢楼主！
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4楼2008-08-31 09:24:51
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wgfz1979

铜虫 (正式写手)

★★★ 三星级,支持鼓励

Mercury软件计算得到的距离和角度都不带偏差，
      可根据CIF中的平均偏差估计一个适当的偏差值。
怎么估计这个适当的偏差值?期待楼主说明.因为发文章时,往往就要有这个偏差值.
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5楼2008-08-31 14:12:30
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huahua1216

至尊木虫 (文坛精英)
引用回帖:
Originally posted by wgfz1979 at 2008-8-31 14:12:
Mercury软件计算得到的距离和角度都不带偏差，
      可根据CIF中的平均偏差估计一个适当的偏差值。
怎么估计这个适当的偏差值?期待楼主说明.因为发文章时,往往就要有这个偏差值.

如果要计算带偏差的值可以简要的如下：



加入要计算由C1 C2 C3 C4  和 C5 C6 C7 C8两个平面的二面角
在ins文件中UNIT下方加入以下命令：
mpla 4 C1 C2 C3 C4
MPLA 4 C5 C6 C7 C8     (4是原子个数 如果有6个原子则改为6)
保存  
xl 计算
然后在lst文件中最后的部分查看  
会给出两个平面的共面性以及二面角


而且是带误差的
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6楼2008-08-31 18:36:07
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yangping

木虫 (正式写手)

★★★ 三星级,支持鼓励

学习了 谢谢
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7楼2008-09-20 21:44:16
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maomao11259

木虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

楼主真是好心人！
支持并推荐！
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8楼2008-09-20 22:03:06
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iamshuiwu

银虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

不好意思，前几天有事，谢谢大家帮忙
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10楼2008-09-25 17:41:21
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liutianfu

金虫 (小有名气)
谢谢！

[ Last edited by liutianfu on 2009-2-15 at 17:09 ]
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11楼2009-02-15 17:05:50
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简单回复
hieagle3楼
2008-08-30 22:24   回复  
 
hieagle9楼
2008-09-21 00:06   回复  
引用回帖:
Originally posted by maomao11259 at 2008-9-20 22:03: 楼主真是好心人！ 支持并推荐！

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