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旱地鲶鱼

金虫 (著名写手)

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专业: 有机合成

[求助] 科研软件使用问题求助已有1人参与

各位大神：

   小弟是autodock菜鸟，最近在使用autodock4.0.1研究药物分子，以便探索新型结构的小分子化合物，遇到了一些问题，恳请各位好心人提供宝贵的意见和建议，不胜感激，问题叙述如下：
   1）大分子受体的优化
   如何在保留活性部位的情况下尽可能地精简化大分子以便缩短对接分析时间和提高准确度，等等；

   2）柔性残基的选择
   如何选择所需要的柔性残基（选择哪个，为什么，怎么选择），是否可以不做柔性残基对接，而只做刚性对接，等等；

   3）对接结果的分析
   如何利用对接数据评价对接结果，哪些数据可以说明对接结果的好坏，如何说明（数据越大越好还是越小越好），等等。


   恳请各位autodock高手不吝赐教，最好有详细周全的解答，有参考文献和有关链接也行，再次临表涕零，不胜感激！

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药材好，药才好

1楼 2014-11-15 22:53:42

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autodockytu

捐助贵宾 (小有名气)

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专业: 兽医学

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
旱地鲶鱼(zhychen2008代发): 金币+2, 多谢回帖交流 2014-11-18 16:43:02

1：受体优化不是这么优化的，如果你的受体有晶体结构，最好不要做任何优化
2：柔性残基可以不用设置

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