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Bader 电荷分析，结果如何解读 已有3人参与
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我的模型是在石墨烯表面添加羰基，模型中只有C和O两种元素。分析的目的是得到每个原子所带的电荷量。请问根据我下面得到的结果，如何计算电荷量呢？ 我先用MS得到den_fmt文件，然后转化为cub文件，然后用http://theory.cm.utexas.edu/henkelman/code/bader/提供的程序对cube文件进行电荷分析。得到三个文件ACF.dat ，AVF.dat ， BCF.dat ，结果如下： 第一个ACF.dat： # X Y Z CHARGE MIN DIST ATOMIC VOL -------------------------------------------------------------------------------- 1 0.0186 0.0127 2.9656 0.2899 0.1891 312.0165 2 1.3420 2.3345 3.0530 0.2608 0.8195 270.2930 3 4.0353 -2.3118 3.0488 0.2649 0.8252 273.8727 4 5.3223 0.0197 3.3807 0.2407 0.8859 189.6628 5 8.0853 -4.6364 2.9612 0.2683 0.9505 233.3229 6 9.4408 -2.3661 3.1315 0.2491 0.7091 338.7172 7 12.0941 -6.9567 2.9423 0.2647 1.0233 274.6942 8 13.4395 -4.6299 2.9472 0.2434 0.7511 239.6019 9 0.0092 4.6638 2.9802 0.2638 0.8392 243.2989 10 1.3407 7.0117 2.9440 0.2248 0.7067 178.8065 11 4.0109 2.2886 3.3807 0.2214 0.7217 142.7166 12 5.2716 4.7117 3.8258 0.2201 0.1767 61.0301 13 8.0550 -0.0821 3.8363 0.2037 0.6277 58.8589 14 9.5018 2.3267 4.1567 0.2202 0.6286 56.9810 15 12.0833 -2.3156 3.0571 0.2170 0.9072 180.5083 16 13.4329 0.0410 3.1187 0.3239 0.8842 264.1313 17 0.0066 9.3297 2.9293 0.2864 0.8815 253.3924 18 1.3515 11.6477 2.9396 0.2481 0.8156 245.0594 19 3.9880 7.0500 3.1091 0.2592 0.1996 335.3723 20 5.3623 9.3177 3.0490 0.1973 0.1275 175.6963 21 8.0847 4.7757 4.1511 0.2127 0.6090 53.2840 22 9.4432 7.0661 3.3856 0.2446 0.7848 210.1431 23 12.1678 2.3393 3.3997 0.1301 0.2217 161.9059 24 13.4479 4.6637 3.1738 0.2407 0.8745 235.1420 25 0.0120 13.9616 2.9738 0.2670 0.6641 285.3745 26 1.3558 16.2933 2.9665 0.2770 0.9202 288.0152 27 4.0471 11.6512 2.9440 0.2738 0.9407 254.3313 28 5.3823 13.9735 2.9855 0.2480 0.8588 227.7480 29 8.0814 9.3144 3.1149 0.2413 0.8163 231.0342 30 9.4221 11.6377 2.9393 0.2397 0.7465 213.0186 31 12.0909 7.0073 3.1651 0.2166 0.7426 208.1479 32 13.4343 9.3130 2.9656 0.2470 0.8393 276.3374 33 6.4532 5.0665 6.3322 0.4041 1.1704 1573.1101 34 8.9269 0.7977 6.3483 0.4013 1.2092 1512.3734 -------------------------------------------------------------------------------- VACUUM CHARGE: 0.0000 VACUUM VOLUME: 0.0000 NUMBER OF ELECTRONS: 8.6116 第三个文件 BCF.dat： # X Y Z CHARGE ATOM DISTANCE ------------------------------------------------------------------------- 1 0.3579 17.9751 2.7779 0.1142 1 1.1153 2 0.3579 0.6198 3.1747 0.0797 1 0.7262 3 0.7157 1.6529 3.1747 0.1137 2 0.9336 4 15.3879 9.2975 2.7779 0.0959 1 1.1297 5 1.0736 3.0991 3.1747 0.0741 2 0.8195 6 0.3579 3.9256 3.1747 0.1020 9 0.8392 7 0.3579 5.1652 3.1747 0.0845 9 0.6410 8 15.3879 -4.7520 2.7779 0.0771 9 1.1051 9 1.0736 6.4049 2.7779 0.0888 10 0.6835 10 1.0736 7.6446 2.7779 0.0658 10 0.7067 11 0.3579 8.4710 2.7779 0.1061 17 0.9401 12 0.3579 10.1239 2.7779 0.0813 17 0.8815 13 15.3879 0.2066 2.7779 0.0990 17 1.1553 14 1.0736 10.9503 2.7779 0.0914 18 0.7679 15 1.0736 12.1900 2.7779 0.0932 18 0.6305 16 15.3879 4.7520 3.1747 0.1068 25 1.1426 17 0.3579 13.4297 2.7779 0.0813 25 0.6641 18 0.3579 14.6693 2.7779 0.0788 25 0.8117 19 1.0736 15.4957 2.7779 0.0951 26 0.8668 20 1.0736 17.1486 2.7779 0.0892 26 0.9202 21 6.4415 5.3719 6.3495 0.3821 33 0.3061 22 2.1472 11.5702 2.7779 0.0634 18 0.8156 23 2.1472 16.1156 3.1747 0.0925 26 0.8374 24 2.1472 2.4793 3.1747 0.0730 2 0.8270 25 2.1472 7.0247 3.1747 0.0701 10 0.8390 26 3.2207 2.2727 3.1747 0.0815 11 0.8168 27 5.0100 5.3719 3.5716 0.0883 12 0.7543 28 3.2207 7.2313 3.1747 0.0925 19 0.7912 29 3.2207 16.3222 3.1747 0.0924 3 0.9052 30 4.2943 2.8925 3.5716 0.0637 11 0.6939 31 4.2943 6.1983 3.1747 0.0449 19 0.9075 32 3.2207 11.7768 2.7779 0.0965 27 0.8522 33 4.2943 1.6529 3.5716 0.0762 11 0.7217 34 5.0100 -0.8264 3.1747 0.0719 4 0.9252 35 4.2943 -1.6529 3.1747 0.0947 3 0.7191 36 5.0100 0.8264 3.5716 0.0931 4 0.8859 37 5.0100 4.1322 3.5716 0.0895 12 0.6847 38 4.2943 7.8512 3.1747 0.1217 19 0.8602 39 5.0100 9.9173 3.1747 0.0722 20 0.7067 40 4.2943 12.3966 2.7779 0.0860 27 0.8027 41 8.5886 0.8264 6.3495 0.3709 34 0.3396 42 4.6522 10.9503 2.7779 0.0913 27 0.9407 43 5.0100 14.8759 3.1747 0.0954 28 0.9944 44 4.2943 15.7024 3.1747 0.0777 3 1.0349 45 5.0100 13.2230 2.7779 0.0693 28 0.8630 46 5.0100 8.6776 3.1747 0.0637 20 0.7414 47 6.0836 4.7520 3.5716 0.0422 12 0.8518 48 6.4415 4.5454 6.3495 0.0217 33 0.5215 49 6.0836 -0.2066 3.5716 0.0756 4 0.8168 50 7.1572 0.0000 3.5716 0.0678 13 0.9396 51 6.0836 13.8429 3.1747 0.0832 28 0.7380 52 6.0836 9.2974 3.1747 0.0611 20 0.7324 53 8.2308 0.6198 3.5716 0.0494 13 0.7705 54 6.4415 8.2644 6.3495 0.0001 33 3.1980 55 7.1572 14.0495 2.7779 0.0836 5 0.9995 56 7.5150 4.7520 3.9684 0.0688 21 0.5987 57 7.1572 9.5041 3.1747 0.0815 29 0.9454 58 8.5886 9.9173 3.1747 0.0778 29 0.7901 59 8.5886 -4.1322 3.1747 0.0836 5 0.7437 60 8.9465 -3.0991 3.1747 0.0828 6 0.8852 61 8.5886 -0.8264 3.5716 0.0864 13 0.9534 62 9.3043 1.6529 3.9684 0.0578 14 0.7270 63 9.3043 2.8925 4.3653 0.0877 14 0.6345 64 8.5886 5.3719 3.9684 0.0716 21 0.8017 65 8.5886 8.6776 3.1747 0.0820 29 0.8163 66 8.9465 7.6446 3.1747 0.0800 22 0.7911 67 8.9465 12.1900 2.7779 0.0707 30 0.7465 68 8.5886 13.2230 2.7779 0.1009 5 1.2674 69 8.9465 10.9503 3.1747 0.0791 30 0.8684 70 8.9465 -1.8595 3.1747 0.0652 6 0.7091 71 8.5886 4.1322 4.3653 0.0723 21 0.8450 72 8.9465 6.4049 3.5716 0.0623 22 0.8477 73 10.3779 -2.2727 3.1747 0.1011 6 0.9427 74 10.3779 2.2727 3.9684 0.0747 14 0.8977 75 12.5251 3.0991 3.1747 0.0687 23 0.8693 76 10.3779 7.2313 3.1747 0.1022 22 0.9723 77 9.3043 0.4132 6.3495 0.0302 34 0.5387 78 11.4515 2.4793 3.5716 0.0613 23 0.7498 79 10.3779 11.7768 2.7779 0.0898 30 0.9793 80 11.0936 -2.2727 3.1747 0.0789 15 0.9975 81 12.8829 0.8264 3.1747 0.1744 16 0.9605 82 11.4515 7.0247 3.1747 0.0660 31 0.6397 83 13.2408 3.9256 3.1747 0.0965 24 0.7666 84 11.4515 11.5702 2.7779 0.0903 7 0.8195 85 12.5251 -1.4463 3.1747 0.0567 15 0.9822 86 12.8829 5.3719 3.1747 0.0782 24 0.9060 87 12.5251 7.6446 3.1747 0.0805 31 0.7712 88 12.5251 -6.4049 2.7779 0.0773 7 0.7191 89 13.2408 -0.6198 3.1747 0.0851 16 0.6905 90 12.5251 6.4049 3.1747 0.0700 31 0.7426 91 12.8829 8.6776 3.1747 0.0764 32 0.8669 92 12.8829 -5.3719 2.7779 0.0903 8 0.9428 93 13.2408 -3.9256 2.7779 0.0720 8 0.7511 94 12.5251 -3.0991 3.1747 0.0814 15 0.9072 95 12.8829 9.9173 2.7779 0.0747 32 0.8393 96 12.5251 10.9503 2.7779 0.0970 7 1.1938 97 14.3144 0.0000 3.1747 0.0645 16 0.8842 98 14.3144 4.5454 3.1747 0.0660 24 0.8745 99 14.3144 -4.5454 2.7779 0.0810 8 0.8951 100 14.3144 9.5041 2.7779 0.0959 32 0.9199 ------------------------------------------------------------------------- |
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笑笑愁: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-11-16 10:02:22
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就是正常的单点能计算，加个LAECHG=.TRUE. 然后用austin的脚本，具体用法见： http://theory.cm.utexas.edu/henkelman/code/bader/ |
16楼2014-11-15 14:34:31
Illusionist
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| One finally note is that you need a fine fft grid to accurately reproduce the correct total core charge. It is essential to do a few calculations, increasing NG(X,Y,Z)F until the total charge is correct. |
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