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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 扩散系数值模拟与实验相差很大
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敏sunflower

金虫 (小有名气)

[交流] 扩散系数值模拟与实验相差很大

急需各位大侠的帮助！
小妹涉足分子模拟时间不长，课题组也没有人懂分子模拟，大导催着发文章，但现在遇到了问题，希望能够得到各位大侠的帮助！！！！
我遇到的问题是:通过进行分子动力学得到的分子扩散系数与实验值相比，相差20-40倍，二者数量级分别是10^（-10）、10^（-12），单位m2/s。
对于模拟的结果，我通过延长动力学时间反复验证，多次计算的数值相差不大。至于实验结果，虽然有误差，但是不至于将扩散系数的数量级由10^（-12）提高到10^（-11）。
针对上面的问题，有人说可能是立场参数设置的不合适，但是我用的MS软件好像无法修改立场参数！

1. 请教各位大侠，对于这个问题有什么解决办法吗？
2. 如果我想拿现在的结果发表文章的话，这个问题会不会成为文章的致命伤呐？若是发英文期刊，可能被接收吗？
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1楼 2014-11-11 15:59:35
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敏sunflower

金虫 (小有名气)
引用回帖:
11楼: Originally posted by abinitio at 2014-11-13 10:23:15
温度呢？扩散速率是与温度有关的。但如果差出两个数量级，那就已经是两相之间的区别了。...

我的温度是与实验数据的温度对应的，您说的两相之间的区别我不大明白，能给解释一下吗?
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12楼2014-11-13 10:42:05
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abinitio

版主 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
什么体系？用的什么力场？ms是可以选择不同的力场的
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2楼2014-11-11 16:24:10
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敏sunflower

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by abinitio at 2014-11-11 16:24:10
什么体系？用的什么力场？ms是可以选择不同的力场的

你好!我模拟的是双组份液体分子在聚合物膜中的扩散过程，选择的力场是CAMPASS，对于立场我已经验证了，只有使用CAMPASS力场建立的模型密度最接近聚合物真实密度，而且通过模拟玻璃化转变温度得到的数值与实验值吻合
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3楼2014-11-11 16:35:16
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lusostty

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
系综呢？还有体系达到平衡了么？控温方式呢？
你可以一种一种条件试着修改
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4楼2014-11-12 08:12:24
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