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半岛铁盒lsf

新虫 (小有名气)

[求助] 反转录后PCR扩不出目的条带已有7人参与

最近刚开始自己的实验,只有一个细胞株,想要从这个细胞株里提RNA,反转录后PCR扩出需要的目的基因序列。反转录后PCR用了GAPDH的引物做对照,GAPDH能够扩出来,但是需要的目的基因条带一直扩不出来,条带都没有。模板、引物、酶量、温度梯度都试过,一直失败中,希望大家多给指点指点,求分享经验!另外,如果我需要其他的目的基因序列,能也从这个细胞株里相同方法得到吗?谢谢
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半岛铁盒lsf

新虫 (小有名气)

引用回帖:
12楼: Originally posted by wg0541001 at 2014-11-13 16:47:14
对啊,RNA提得好的话容易得到全长的RNA,提不好就是打断的RNA,长片段就很难扩出来。
overlap就是设计两对引物,最终得到两个片段,两个片段的尾部之间有一段相同的序列。这样通过fusion-PCR的方法可以把基因给连 ...

你说的是不是重组PCR?断裂的点是不知道的,设计引物截取目的片段的一半一半?这是不是也挺随意的,倒霉的话遇到不覆盖断裂的地方就还是P不出来?
13楼2014-11-14 09:26:00
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shoufangche

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香,分子生物期待你更多精彩。 2014-11-11 16:36:04
GAPDH能够扩出来说明你的DNA模版是没有问题的,是引物序列不合适吧
2楼2014-11-11 12:27:23
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koujie1986

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香,分子生物期待你更多精彩。 2014-11-11 16:36:12
扩不出来原因有很多,需要逐步排查原因。我觉得可以考虑先找其他质量可以的cDNA看看你的引物质量如何,如果引物设计有问题怎么扩都不会有带的。其次,先弄清楚该基因在你那个细胞株里面表不表达,表达时间等等。再次,RNA提取质量要有保证,这样反转录效率才高,模板质量有保证。
3楼2014-11-11 14:49:47
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半岛铁盒lsf

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by shoufangche at 2014-11-11 12:27:23
GAPDH能够扩出来说明你的DNA模版是没有问题的,是引物序列不合适吧

因为还有定量PCR的引物,就用定量PCR的引物也在普通PCR仪上试了试,也是出不来。就在想是不是提的RNA降解了,或者细胞本身表达那个蛋白还是有点少。所以打算跑胶再看看RNA,另外重新问别人要到另一个细胞株提的RNA,想一起跑胶看看再试试能不能P出来。
4楼2014-11-11 20:18:33
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