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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 蒙脱石吸附，能量优化
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jhjh12

银虫 (小有名气)

[求助] 蒙脱石吸附，能量优化 已有2人参与

我构建了蒙脱石的结构模型，使用运用Sorption板向蒙脱石的双晶胞结构体系中添加水分子，形成一、二、三层水分子，水分子分层也不是很明显，然后用Discover模块进行能量优化，计算出最低能量构型，出现错误，不知道哪一步错了。一直做不出来来。

蒙脱石吸附，能量优化
二层


蒙脱石吸附，能量优化-1
一层


蒙脱石吸附，能量优化-2
三层


蒙脱石吸附，能量优化-3
能量最小化出现错误.jpg
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坚持、努力、成功
1楼 2014-11-03 11:49:29
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呀呀杨会苗

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
12楼: Originally posted by jackup at 2015-03-10 11:49:44
哦，那32个硅原子或8个铝原子中只要被取代原子不相邻，随便选择一个被取代就行吗？为什么我根据文献里的数据建立的晶胞，硅（铝）原子的总个数并不是32（8）的倍数，应该按照倍数向前或向后取整确定被取代原子的个 ...

建模可以从数据库中下载蒙脱石的文件，然后导入。要是自己建应该按照倍数吧，我记得文献里面提到了3个方向扩展几倍

[ 发自小木虫客户端 ]
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13楼2015-03-11 12:21:47
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查看全部 19 个回答

呀呀杨会苗

铜虫 (初入文坛)
你好，怎么你的可以把水吸附进去，我用sorption就出错了。。。求助！！！多谢多谢呀。
蒙脱石吸附，能量优化-4
sorption.jpg


蒙脱石吸附，能量优化-5
出错.jpg
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2楼2015-01-09 09:29:01
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芝麻小迪

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
2楼: Originally posted by 呀呀杨会苗 at 2015-01-09 09:29:01
你好，怎么你的可以把水吸附进去，我用sorption就出错了。。。求助！！！多谢多谢呀。

sorption.jpg

出错.jpg
...

你的加水失败应该看一下给出的失败的原因是啥，然后解决
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3楼2015-01-10 09:46:41
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呀呀杨会苗

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 芝麻小迪 at 2015-01-10 09:46:41
你的加水失败应该看一下给出的失败的原因是啥，然后解决...

失败以后，下载的文件里面没有后缀为.out的文件…所以也不知道是怎么回事。多谢！

[ 发自小木虫客户端 ]
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4楼2015-01-10 15:08:11
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