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| 我是做分子动力学模拟的，刚刚开始学习fortran还不怎么会编程，老师让编写静电相互作用和范德华相互作用的小程序，求各位大侠帮帮忙！感激不尽！ |
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ktwyw
木虫 (小有名气)
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【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
上官若轩: 金币+20, ★★★★★最佳答案, 很详细，谢谢帮助！ 2014-11-04 11:21:20
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如果只是简单做一下，不去深究如何才能更准确的处理长程库仑力的话，你可以这样来做 (1) 推导出静电相互作用和范德华相互作用的力的表达式 这一部分可以参考我的课程讲义： http://kczx.suda.edu.cn/mdmc.html lectures>Lecture_slides>3.pdf (2) 如果你有一定的Fortran编程基础，可以直接到第三步，不然可以参考我在课程网站 Outreach 版块提供的Fortran教程。 (3) 我在教学网站的Hands-on版块提供了一个很基本的分子动力学模拟Lennard-JOnes粒子的程序（lj_nve.f90），可以供你参考，在此基础上，你需要加上静电力，另外如果体系较大的话，你可能还需要添加Neighbour list等加快计算力的技巧。 (4) 如果静电力的处理只是简单的用一个大的cutoff distance, 那编程的难度和处理LJ势差不多，如果要需要采用更合理的算法，如Ewald Summation， PPPM等，那你需要去学习相关知识 。 (5) 如果你需要添加neighbour list, 你可以参考Frenkel 和Smit的 "understanding Molecular Simulation"的Appendix F， 这个时候计算力的模块自然也需要相应改变。 另外， Furio Ercolessi在他的网站上提供了一些MD的 F90程序，也可以供你参考 ： http://www.fisica.uniud.it/~ercolessi/md/f90/ |
2楼2014-10-31 09:33:19
戴世杰
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3楼2014-11-02 09:48:27
