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上官若轩

新虫 (初入文坛)

[求助] 求fortran编程小程序 已有1人参与

我是做分子动力学模拟的,刚刚开始学习fortran还不怎么会编程,老师让编写静电相互作用和范德华相互作用的小程序,求各位大侠帮帮忙!感激不尽!
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ktwyw

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
上官若轩: 金币+20, ★★★★★最佳答案, 很详细,谢谢帮助! 2014-11-04 11:21:20
如果只是简单做一下,不去深究如何才能更准确的处理长程库仑力的话,你可以这样来做
(1) 推导出静电相互作用和范德华相互作用的力的表达式
这一部分可以参考我的课程讲义:
http://kczx.suda.edu.cn/mdmc.html
lectures>Lecture_slides>3.pdf

(2) 如果你有一定的Fortran编程基础,可以直接到第三步,不然可以参考我在课程网站 Outreach 版块提供的Fortran教程。

(3) 我在教学网站的Hands-on版块提供了一个很基本的分子动力学模拟Lennard-JOnes粒子的程序(lj_nve.f90),可以供你参考,在此基础上,你需要加上静电力,另外如果体系较大的话,你可能还需要添加Neighbour list等加快计算力的技巧。

(4) 如果静电力的处理只是简单的用一个大的cutoff distance, 那编程的难度和处理LJ势差不多,如果要需要采用更合理的算法,如Ewald Summation, PPPM等,那你需要去学习相关知识 。

(5)  如果你需要添加neighbour list, 你可以参考Frenkel 和Smit的 "understanding Molecular Simulation"的Appendix F, 这个时候计算力的模块自然也需要相应改变。

另外, Furio Ercolessi在他的网站上提供了一些MD的 F90程序,也可以供你参考 :
http://www.fisica.uniud.it/~ercolessi/md/f90/
好好学习,天天向上。
2楼2014-10-31 09:33:19
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戴世杰

木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by ktwyw at 2014-10-31 09:33:19
如果只是简单做一下,不去深究如何才能更准确的处理长程库仑力的话,你可以这样来做
(1) 推导出静电相互作用和范德华相互作用的力的表达式
这一部分可以参考我的课程讲义:
http://kczx.suda.edu.cn/mdmc.html
...

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[ 发自小木虫客户端 ]
3楼2014-11-02 09:48:27
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