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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » Swiss-Prot database 比较熟悉的 帮帮我
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vonstar

银虫 (初入文坛)

[求助] Swiss-Prot database 比较熟悉的 帮帮我 已有2人参与

今天看文献，里面有这么两句“The searches were performed against Swiss-Prot database (Release 2012_05, Number of sequences: 538585). The search was limited to proteins from species of the Viridiplantae (green plants) taxonomy entries and performed using the built-in decoy search option of Mascot.”。我也是做质谱鉴定的，那边老师说搜的库要自己准备，不知道这个proteins from species of the Viridiplantae (green plants) taxonomy entries怎么下载下来呀？单个物种直接搜物种名就可以全找到下载了吧，限定了species of the Viridiplantae (green plants) ，找不到点哪里下载了？求求大家帮帮我
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1楼 2014-10-29 18:47:52
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Bio_in

铜虫 (初入文坛)
★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2014-10-29 22:14:53
silicare: 应助指数-1, 非应助 2014-11-03 10:45:39
Number of sequences: 538585
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2楼2014-10-29 20:42:40
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peterrjp

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
vonstar: 金币+10, ★有帮助, 还是谢谢了 2014-10-30 10:36:04
vonstar: 金币+10, 少给了 不好意思 2014-10-31 13:11:05
就是这个吧：http://www.uniprot.org/uniprot/? ... &sort=score
不过只在SwissProt搜到35737个
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3楼2014-10-30 09:43:31
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vonstar

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by peterrjp at 2014-10-30 09:43:31
就是这个吧：http://www.uniprot.org/uniprot/?query=taxonomy:viridiplantae&fil=reviewed%3Ayes&sort=score
不过只在SwissProt搜到35737个

再请教你一下：你搜的应该是“taxonomy:viridiplantae AND reviewed:yes”，这里面reviewed:yes是什么意思？我试着把reviewed:yes去掉，出现的结果很多，最大的不同是出现了Reviewed (35,737)
Swiss-Prot和Unreviewed (2,423,013)TrEMBL。你能告诉我Unreviewed (2,423,013)TrEMBL是什么吗？
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4楼2014-10-31 12:24:34
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vonstar

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by peterrjp at 2014-10-30 09:43:31
就是这个吧：http://www.uniprot.org/uniprot/?query=taxonomy:viridiplantae&fil=reviewed%3Ayes&sort=score
不过只在SwissProt搜到35737个

我在首页看到这个了
UniProtKB Swiss-Prot (546,790)
Manually annotated and reviewed.
TrEMBL (86,536,393)
Automatically annotated and not reviewed.
这两个区别搞懂了，我可以把这两个一起用吗？
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5楼2014-10-31 12:28:38
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peterrjp

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by vonstar at 2014-10-31 12:28:38
我在首页看到这个了
UniProtKB Swiss-Prot (546,790)
Manually annotated and reviewed.
TrEMBL (86,536,393)
Automatically annotated and not reviewed.
这两个区别搞懂了，我可以把这两个一起用吗？...

建议只用第一个，
第二个是另一个库
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6楼2014-10-31 15:53:04
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