应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » Swiss-Prot database 比较熟悉的 帮帮我
61/1返回列表
查看: 1507  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

vonstar

银虫 (初入文坛)

[求助] Swiss-Prot database 比较熟悉的 帮帮我 已有2人参与

今天看文献，里面有这么两句“The searches were performed against Swiss-Prot database (Release 2012_05, Number of sequences: 538585). The search was limited to proteins from species of the Viridiplantae (green plants) taxonomy entries and performed using the built-in decoy search option of Mascot.”。我也是做质谱鉴定的，那边老师说搜的库要自己准备，不知道这个proteins from species of the Viridiplantae (green plants) taxonomy entries怎么下载下来呀？单个物种直接搜物种名就可以全找到下载了吧，限定了species of the Viridiplantae (green plants) ，找不到点哪里下载了？求求大家帮帮我
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-10-29 18:47:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Bio_in

铜虫 (初入文坛)
★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2014-10-29 22:14:53
silicare: 应助指数-1, 非应助 2014-11-03 10:45:39
Number of sequences: 538585
赞一下 回复此楼
2楼2014-10-29 20:42:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

peterrjp

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
vonstar: 金币+10, ★有帮助, 还是谢谢了 2014-10-30 10:36:04
vonstar: 金币+10, 少给了 不好意思 2014-10-31 13:11:05
就是这个吧：http://www.uniprot.org/uniprot/? ... &sort=score
不过只在SwissProt搜到35737个
赞一下 回复此楼
3楼2014-10-30 09:43:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

vonstar

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by peterrjp at 2014-10-30 09:43:31
就是这个吧：http://www.uniprot.org/uniprot/?query=taxonomy:viridiplantae&fil=reviewed%3Ayes&sort=score
不过只在SwissProt搜到35737个

再请教你一下：你搜的应该是“taxonomy:viridiplantae AND reviewed:yes”，这里面reviewed:yes是什么意思？我试着把reviewed:yes去掉，出现的结果很多，最大的不同是出现了Reviewed (35,737)
Swiss-Prot和Unreviewed (2,423,013)TrEMBL。你能告诉我Unreviewed (2,423,013)TrEMBL是什么吗？
赞一下 回复此楼
4楼2014-10-31 12:24:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

vonstar

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by peterrjp at 2014-10-30 09:43:31
就是这个吧：http://www.uniprot.org/uniprot/?query=taxonomy:viridiplantae&fil=reviewed%3Ayes&sort=score
不过只在SwissProt搜到35737个

我在首页看到这个了
UniProtKB Swiss-Prot (546,790)
Manually annotated and reviewed.
TrEMBL (86,536,393)
Automatically annotated and not reviewed.
这两个区别搞懂了，我可以把这两个一起用吗？
赞一下 回复此楼
5楼2014-10-31 12:28:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

peterrjp

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by vonstar at 2014-10-31 12:28:38
我在首页看到这个了
UniProtKB Swiss-Prot (546,790)
Manually annotated and reviewed.
TrEMBL (86,536,393)
Automatically annotated and not reviewed.
这两个区别搞懂了，我可以把这两个一起用吗？...

建议只用第一个，
第二个是另一个库
赞一下 回复此楼
6楼2014-10-31 15:53:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 vonstar 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 高分子化学与物理调剂 +6 好好好1233 2026-02-28 11/550 2026-03-01 17:47 by 好好好1233
[考研] 化工专硕348，一志愿985求调剂 +5 弗格个 2026-02-28 8/400 2026-03-01 17:25 by sunny81
[考研] 0856求调剂285 +8 吕仔龙 2026-02-28 8/400 2026-03-01 17:25 by 刘兵
[考研] 材料类求调剂 +9 wana_kiko 2026-02-28 10/500 2026-03-01 17:01 by sunny81
[考研] 321求调剂一志愿东北林业大学材料与化工英二数二 +4 虫虫虫虫虫7 2026-03-01 7/350 2026-03-01 16:52 by caszguilin
[考研] 化工专硕342，一志愿大连理工大学，求调剂 +3 kyf化工 2026-02-28 4/200 2026-03-01 16:49 by yywzz
[考研] 材料学硕318求调剂 +8 February_Feb 2026-03-01 10/500 2026-03-01 16:48 by sunny81
[考研] 材料化工调剂 +9 今夏不夏 2026-03-01 10/500 2026-03-01 16:01 by hmn_wj
[考研] 311求调剂 +6 亭亭亭01 2026-03-01 6/300 2026-03-01 15:41 by 324616
[考研] 303求调剂 +4 今夏不夏 2026-03-01 4/200 2026-03-01 14:46 by 嘟嘟小浣熊
[考研] 求调剂 +6 repeatt?t 2026-02-28 6/300 2026-03-01 14:37 by Sakura绘
[考研] 291分工科求调剂 +8 science饿饿 2026-03-01 9/450 2026-03-01 14:22 by Ducount.Y
[考研] 材料学调剂 +8 提神豆沙包 2026-02-28 10/500 2026-03-01 14:14 by peike
[考研] 306分材料调剂 +3 chuanzhu川烛 2026-03-01 4/200 2026-03-01 12:32 by houyaoxu
[考研] 302材料工程求调剂 +4 Doleres 2026-03-01 5/250 2026-03-01 11:52 by liqiongjy
[考研] 272求调剂 +4 田智友 2026-02-28 4/200 2026-03-01 06:43 by 刘兵
[考研] 材料调剂 +4 爱擦汗的可乐冰 2026-02-28 4/200 2026-03-01 00:38 by 猫猫球alter
[考研] 304求调剂 +3 52hz~~ 2026-02-28 5/250 2026-03-01 00:00 by 52hz~~
[考研] 085600材料工程一志愿中科大总分312求调剂 +8 吃宵夜1 2026-02-28 10/500 2026-02-28 20:27 by L135790
[考研] 276求调剂 +3 路lyh123 2026-02-28 4/200 2026-02-28 19:45 by 路lyh123
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭