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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 【求助】同源建模
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zhangh1985

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】同源建模

老师给我了蛋白酶的英文名称，我在NCBI上搜了一下，有２０００多条，我怎么找到我想要的啊，必须找到代码吗？我是个新手，问题简单，让大家见笑了
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1楼 2008-05-07 08:37:42
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luai071

木虫 (著名写手)
★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎继续关注计算模拟版！
找你所要做的种属的，如这个酶是人的，就找人的；要做同源模建还要去PDB里面查下已有晶体结构的同源蛋白，两者互相比较以确定到底用哪个序列
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2楼2008-05-07 09:21:33
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sakata.wei

★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎继续关注计算模拟版！
当你找到你要的酶后，上PDB找看是否有一样的晶体，
倘若没有表示你必须要做Homology Modeling，
可以利用Swiss-Port运行Homology Modeling，或是Sybyl、DiscoveryStudio运行
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3楼2008-05-07 11:17:34
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jilinjohn

至尊木虫 (著名写手)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
http://ca.expasy.org/sprot/
swiss-prot数据库，输入你的酶的名称，然后找到相应你要的酶，然后点击打开，里面有各个数据库的链接信息，如果没有PDB的结构，也就是PDB数据库的录入代号，那么你就可以模建了。当然你还要先搜搜看各个数据库这个酶是不是已经有人模件过了呵呵。
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http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=696776&view=old
4楼2008-05-07 13:47:36
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zhangh1985

木虫 (小有名气)
哦，谢谢啊．
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5楼2008-05-07 15:43:43
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syhu_007012

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by jilinjohn at 2008-5-7 13:47:
http://ca.expasy.org/sprot/
swiss-prot数据库，输入你的酶的名称，然后找到相应你要的酶，然后点击打开，里面有各个数据库的链接信息，如果没有PDB的结构，也就是PDB数据库的录入代号，那么你就可以 ...

请教一下:
如何知道我的目标蛋白别人是否模建过呢?
如果别人模建过,那他的结果是否可以下载到呢?
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6楼2008-05-07 19:12:56
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jilinjohn

至尊木虫 (著名写手)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
to syhu:这个你只能去各大数据库搜索了，看这个蛋白是否已经被模建过并发表了，即以模件过，如果你跟它做的实验目的不一样，也没有关系呵呵。

这个貌似下载不了，只有极少数的模建见过被PDB数据库收录，你可以直接跟作者联系，跟他要他模建的结果呵呵
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http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=696776&view=old
7楼2008-05-07 22:02:15
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