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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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gn02530640

银虫 (小有名气)

[求助] PyMol 手动改变蛋白质结构后，是否可以保存其构型? 已有1人参与

如题，我目前想将一个蛋白质单体的helix结构改成sheet结构，于是按照手册输入以下指令：

show cartoon
alter 1-17/, ss='S' # assign residues 1-17 as sheet
alter 18-27/, ss='L' # assign residues 18-27 as loop
alter 28-37/, ss='S' # assign residues 28-37 as sheet
rebuild # regenerate the cartoon

结果是成功的，但是问题在于我没有办法将改变后的结构保留存成pdb文件(就是说即使我存了pdb文件，但用VMD读取后依旧是原来的helix结构，而不是修改后的sheet结构)。

有无虫友能够解决这个问题? 或是能够教我如何用PyMol 或 Discovery Studio 建构出 sheet 结构的蛋白质? 感激不尽
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1楼 2014-10-29 10:51:34
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分迪科技

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gn02530640: 金币+20 2014-10-30 22:34:17
可以把你的hex发给我看看，邮箱help@moldesigner.com
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http://www.moldesigner.com/ 分迪科技提供分子对接、分子动力学、同源模建、虚拟筛选等技术服务。
2楼2014-10-29 20:04:57
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gn02530640

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 分迪科技 at 2014-10-29 20:04:57
可以把你的hex发给我看看，邮箱help@moldesigner.com

已寄出，非常感谢您
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3楼2014-10-29 22:01:09
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分迪科技

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

已回复：）你可以用pymol自己构建二级结构。
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http://www.moldesigner.com/ 分迪科技提供分子对接、分子动力学、同源模建、虚拟筛选等技术服务。
4楼2014-10-30 22:30:12
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gn02530640

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 分迪科技 at 2014-10-30 22:30:12
已回复：）你可以用pymol自己构建二级结构。

我试过了，但问题是建构出来的beta sheet 结构在VMD显示下不会形成箭头一样的图案。是因为肽链和肽链之间的距离不对吗? 又该注意哪些事
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5楼2014-10-30 23:10:25
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