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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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bents

铁虫 (小有名气)

[交流] 【求助】关于abmer中求resp电荷问题

我是用amber去求某蛋白的resp电荷,并想转换成ac文件,但遇到了如下问题。请您帮忙看看。
For atom[1]:Fe1, the best APS is not zero, exit
Warning: the assigned bond types may be wrong, please :
(1) double check the structure (the connectivity) and/or
(2) adjust atom valence penalty parameters in APS.DAT, and/or
(3) increase MAXVASTATE in define.h and recompile bondtype.C
(4) increase PSCUTOFF in define.h and recompile bondtype.C
    Be cautious, use a large value of PSCUTOFF (>10) will significantly increase the computer time

请问如何解读?最好详细些~~~ thanks~
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