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raohuihua新虫 (小有名气)
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Proteomic analysis of untreated stationary cells led to the detection of 1712 proteins (65% of the predicted ORFs). Treatment with ADEP4 resulted in decreased abundance of 243 proteins (p≤0.05 and 2-fold decrease) (Fig 1A) (Extended Data Table 1). This however is likely an underestimate. The proteome reports changes in the relative abundance of peptides produced by trypsin cleavage. A protein that was only cleaved once, for example, by ADEP4/ClpP and was not further degraded prior to trypsin treatment would still generate several tryptic peptides and not show an overall decrease in protein abundance. To address this, we analyzed partially-tryptic peptides to uncover additional ADEP/ClpP targets. Partially tryptic peptides exist at certain abundance in untreated cells due to natural degradation, followed by trypsin treatment. However, the levels of these peptides increases or decreases markedly due to degradation induced by addition of ADEP; as is obvious from the abundance of red spots. An increase of partially tryptic peptides indicates ADEP degradation of a protein resulting in partially tryptic peptides. This analysis revealed 174 additional ADEP/ClpP targets (peptides of increased abundance; Fig 1B; Extended Data Table 2). A decrease on the other hand indicates that a particular degradation product, present at the time of ADEP addition, can be further degraded by ADEP/ClpP and are of less relevance to the study. |
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2楼2014-10-23 16:01:34
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raohuihua(RXMCDM代发): 金币+15 2014-10-24 23:03:34
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（教科书式的翻译：） 对未处理的静止细胞进行蛋白质组分析检测到1712种蛋白质（预测ORF【开放阅读框】的65％）。用ADEP4（酰基缩肽）处理后有243种蛋白质的丰度下降（P≤0.05，降低2倍【有人说中文不这么说】）（图1A）（扩展数据见表1）。但这很可能是低估了。（因为）蛋白质组的报告的是胰蛋白酶裂解产生的肽段相对丰度的变化。举例来说，如果一种蛋白仅被ADEP4/ CLPP裂解一次，在经胰蛋白酶处理之前没有进一步降解（发生），（但经）胰蛋白酶处理后仍然将产生几个胰蛋白酶裂解肽段，却不能显示蛋白质整体丰度的下降。为了解决这个问题，我们分析了用胰蛋白酶部分消化所产生的肽段，以便发现更多（额外）ADEP/CLPP靶位。用胰蛋白酶处理未经处理的细胞，这些细胞由于自然降解会有一定丰度的胰蛋白酶部分消化肽段存在。但加入ADEP后引起蛋白质的进一步降解，使这些肽段显著增加或者减少，这可从图中红点的丰度明显看出。胰蛋白酶部分降解肽段的增加表明ADEP对蛋白质的降解，产生部分裂解肽段。此分析发现了另外174种ADEP/ CLPP目标蛋白（肽的增加丰度见图1B;扩展数据表2）。另一方面，肽段的减少则表明，在添加ADEP时存在的特定降解产物，可以被ADEP/CLPP进一步降解，因此与本研究相关性较小。 |
3楼2014-10-23 23:01:47
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4楼2014-10-24 10:04:28
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