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福建生猪

新虫 (初入文坛)

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专业: 兽医传染病学

[求助] 病毒全基因组测序问题。。求大牛~~~ 已有4人参与

本人想对某一病毒进行基因组测序，已经过细胞培养分离病毒并鉴定，现在准备送测序。问题：
1.怎么把病毒的DNA从细胞培养液提取出来，采用常规的DNA提取试剂盒？
2.采用常规的dna提取试剂盒，这样的话是不是也把宿主（培养用的细胞）的DNA也提取出来，有什么方法可以减低宿主的污染？
3.提取出来的dna怎么鉴定纯度，以达高通量测序要求。
万分感谢！！！！

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1楼 2014-10-20 20:59:25

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哈斗

新虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
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测序公司一般都会带抽提服务的。而且他们抽提的多，经验也丰富些。

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13楼2014-11-19 17:54:44

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soarrow

铁杆木虫 (正式写手)

酱油歪楼党

MolEPI: 1
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性别: GG
专业: 病毒、病毒感染与宿主免疫

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 鼓励交流 2014-10-22 12:24:25
福建生猪: 金币+8, ★★★很有帮助 2014-10-23 11:01:10

DNA病毒还是RNA病毒？
根据病毒选择试剂盒，现在市场上用于NGS的病毒提取核酸试剂盒有不少，比如QIAGEN RNeasy Plus
这个可以降低来源于宿主或者样本中背景DNA信息，就是去除 gDNA。
另外还要注意去除核酸提取物中的 rRNA 序列。
纯度鉴定最常见就是运行Agilent Bioanalyzer 2100

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3楼2014-10-22 11:20:44

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