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海韵315

银虫 (小有名气)

[求助] CPMD 画图

本人刚开始用CPMD,看手册里有画图的部分,一个都弄不出来啊,望行家指教!!
1:xmgrace是怎么用的啊?我下载好了,安装了打开后不知道怎么把数据导进去,坐标怎么改?需要把数据弄成什么格式才能导入呢?
2:在day2 中有一句“We use the program gx.x that reads the TRAJEC.xyz file and calculated the RDF. Just running the program prints a description of the input file. Compare this we the provided input file gofrin. Now run the program    gx.x gofrin "这是什么意思啊?gx.x是干什么用的?怎么利用gofrin画TRAJEC.xyz的图呢?
3:cpmd2cube.x是用来把文件转换成cube或pdb格式,再在molekel里画图的,但这个cpmd2cube.x这个可执行文件是怎么产生的呢?这个压缩文件我是有的。

再次感谢大家啊!!!
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abinitio

版主 (著名写手)

xmgrace 是在linux下的一个画图软件,是在xwindows界面下的,使用ssh远程登录方式只能使用命令行格式。在图形界面上,打开xmgrace后,在data-import处可以导入文本文件,也就是坐标文件。

关于day2中的gx.xy文件,应该是和cpmd2cube一样,是cpmd带的小工具程序?如果是,也需要编译
2楼2014-12-19 14:54:44
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