24小时热门版块排行榜    

查看: 1046  |  回复: 1

海韵315

银虫 (小有名气)

[求助] CPMD 画图

本人刚开始用CPMD,看手册里有画图的部分,一个都弄不出来啊,望行家指教!!
1:xmgrace是怎么用的啊?我下载好了,安装了打开后不知道怎么把数据导进去,坐标怎么改?需要把数据弄成什么格式才能导入呢?
2:在day2 中有一句“We use the program gx.x that reads the TRAJEC.xyz file and calculated the RDF. Just running the program prints a description of the input file. Compare this we the provided input file gofrin. Now run the program    gx.x gofrin "这是什么意思啊?gx.x是干什么用的?怎么利用gofrin画TRAJEC.xyz的图呢?
3:cpmd2cube.x是用来把文件转换成cube或pdb格式,再在molekel里画图的,但这个cpmd2cube.x这个可执行文件是怎么产生的呢?这个压缩文件我是有的。

再次感谢大家啊!!!
回复此楼

» 猜你喜欢

新的人生从此开始
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

abinitio

版主 (著名写手)

xmgrace 是在linux下的一个画图软件,是在xwindows界面下的,使用ssh远程登录方式只能使用命令行格式。在图形界面上,打开xmgrace后,在data-import处可以导入文本文件,也就是坐标文件。

关于day2中的gx.xy文件,应该是和cpmd2cube一样,是cpmd带的小工具程序?如果是,也需要编译
2楼2014-12-19 14:54:44
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 海韵315 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的? +17 爱看书的可乐 2026-08-26 19/950 2026-08-31 11:46 by xiangy672
[基金申请] 中青基了要发朋友圈吗? +6 349506619 2026-08-28 6/300 2026-08-31 08:43 by kingkocxr
[基金申请] 基金不中,共勉 +12 eulota 2026-08-26 12/600 2026-08-31 08:42 by ZJTJZ
[基金申请] 面上意见出来了 +10 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 19/950 2026-08-31 08:01 by blueearth171
[基金申请] 有没有仍没收到信息的 +7 德尚中行 2026-08-27 8/400 2026-08-30 20:52 by purplejack
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见(F口面上) +6 gdd2018 2026-08-28 11/550 2026-08-30 08:58 by 超级无敌华子
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已,这评审意见是按照杰青的条件评的吧? +6 gouxfjh 2026-08-28 11/550 2026-08-30 07:57 by gouxfjh
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 (金币+15) +15 晴天加油 2026-08-26 16/800 2026-08-29 18:28 by symmetry
[基金申请] 国自然评审意见 +13 wangmingqi 2026-08-28 19/950 2026-08-29 10:22 by Poppy1104
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 9/450 2026-08-28 11:06 by maolC
[基金申请] 哪位高人中了,把查询到的截图贴出来让我看看,让我长长见识 +5 yuleib84 2026-08-26 6/300 2026-08-28 00:02 by yudaoqian88
[基金申请] 看板上这么多中的,有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
[基金申请] 2026年8月25日国自然放榜前突然收到列入评审专家邮件,有关系吗? +25 木水思豆 2026-08-25 28/1400 2026-08-26 14:53 by draco1987
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 为什么国自然不能直接公布 +4 bjdxyxy 2026-08-26 4/200 2026-08-26 13:12 by qingmu1201
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
[基金申请] 今天务委会开完了,明天出结果吗 +19 angus9576 2026-08-25 23/1150 2026-08-26 10:03 by zp519
[基金申请] 在坚冰还盖着北海的时候,我看到了怒放的梅花。 (金币+10) +6 ziyangfang 2026-08-25 9/450 2026-08-25 20:26 by huagongfeihu
[基金申请] 某些机构,以效率低为荣,以效率低作为存在感 +9 yuleib84 2026-08-25 10/500 2026-08-25 17:14 by alexon
信息提示
请填处理意见