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cenwanglai荣誉版主 (知名作家)
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DL_POLY_4中的并行设置：Domain decompostion和link-cell decomposition
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包含两种分子，约7万个原子的气体体系（300K, 0.5 MPa), 用DL_POLY_4计算。 box的尺寸是43*43*45nm， 这是根据PV=nRT计算圆整后的尺寸. 在OUTPUT文件中出现以下内容： I/O read method: parallel by using MPI-I/O (assumed) I/O readers (assumed) 15 I/O read batch size (assumed) 2000000 I/O read buffer size (assumed) 20000 I/O parallel read error checking off (assumed) I/O write method: parallel by using MPI-I/O (assumed) #从这里开始到下面五行，为什么跟前面六行是一样的？这是因为有两种分子吗？ I/O write type: data sorting on (assumed) I/O writers (assumed) 60 I/O write batch size (assumed) 2000000 I/O write buffer size (assumed) 20000 I/O parallel write error checking off (assumed) node/domain decomposition (x,y,z): 4 5 6 link-cell decomposition 1 (x,y,z): 5 4 3 warning issued 100 *** warning - link cell algorithm has a link cell dimension that is < 4 !!! *** *** DL_POLY_4 RUNNING IN LOW EFFICIENCY MODE !!! *** 请问 （1） link cell是什么？ （2）demain decomposition （简写为DD）是并行计算的一种算法，目的是将一个大的任务划分成若干相等的子空间。请问能否通过CONTROL文件来控制DD的划分方法？ （3）link cell与domain decomposition有什么关系？ （4）怎样设置才能让link cell dimension >=4? |
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