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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » DL_POLY_4中的并行设置：Domain decompostion和link-cell decomposition
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cenwanglai

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老和山猥琐派九段

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[求助] DL_POLY_4中的并行设置：Domain decompostion和link-cell decomposition

包含两种分子，约7万个原子的气体体系（300K, 0.5 MPa), 用DL_POLY_4计算。 box的尺寸是43*43*45nm， 这是根据PV=nRT计算圆整后的尺寸. 在OUTPUT文件中出现以下内容：

I/O read method: parallel by using MPI-I/O (assumed)
I/O readers (assumed)                  15
I/O read batch size (assumed)     2000000
I/O read buffer size (assumed)      20000
I/O parallel read error checking off (assumed)

I/O write method: parallel by using MPI-I/O (assumed)                 #从这里开始到下面五行，为什么跟前面六行是一样的？这是因为有两种分子吗？
I/O write type: data sorting on (assumed)
I/O writers (assumed)                  60
I/O write batch size (assumed)    2000000
I/O write buffer size (assumed)     20000
I/O parallel write error checking off (assumed)


node/domain decomposition (x,y,z):      4     5     6

link-cell decomposition 1 (x,y,z):      5     4     3

warning issued    100

*** warning - link cell algorithm has a link cell dimension that is < 4 !!! ***
*** DL_POLY_4 RUNNING IN LOW EFFICIENCY MODE !!! ***

请问
（1） link cell是什么？
（2）demain decomposition （简写为DD）是并行计算的一种算法，目的是将一个大的任务划分成若干相等的子空间。请问能否通过CONTROL文件来控制DD的划分方法？
（3）link cell与domain decomposition有什么关系？
（4）怎样设置才能让link cell dimension >=4?
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1楼 2014-10-19 11:33:25
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主
这个问题算是通过其他的方式解决了。

（1）在CONTROL中添加densvar     10. 其作用是让体系密度波动可以达到10. 先跑几步，比如4000步。
（2）在（1）的基础上接着跑，densvar可以注销掉（默认为0， 体系均匀）
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2楼2014-10-21 12:58:16
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magicmonk

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by cenwanglai at 2014-10-21 12:58:16
这个问题算是通过其他的方式解决了。

（1）在CONTROL中添加densvar     10. 其作用是让体系密度波动可以达到10. 先跑几步，比如4000步。
（2）在（1）的基础上接着跑，densvar可以注销掉（默认为0， 体系均匀）

请问dlpoly4的并行如何？MD速度方面和VASP可比吗？
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我们最深的恐惧不是我们能力不够，我们最深的恐惧是能力超越了极限。
3楼2014-11-09 19:39:08
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cenwanglai

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引用回帖:
3楼: Originally posted by magicmonk at 2014-11-09 19:39:08
请问dlpoly4的并行如何？MD速度方面和VASP可比吗？...

DL_POLY是经典分子动力学软件
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4楼2014-11-09 20:24:14
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magicmonk

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by cenwanglai at 2014-11-09 20:24:14
DL_POLY是经典分子动力学软件...

是的，那您的意思是相同体系大小dlpoly比vasp快吗？
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我们最深的恐惧不是我们能力不够，我们最深的恐惧是能力超越了极限。
5楼2014-11-09 20:56:41
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cenwanglai

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引用回帖:
5楼: Originally posted by magicmonk at 2014-11-09 20:56:41
是的，那您的意思是相同体系大小dlpoly比vasp快吗？...

是啊。要快10倍以上，不是一个数量级的。
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6楼2014-11-09 21:17:38
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我也不懂

禁虫
本帖内容被屏蔽
7楼2022-10-21 09:00:07
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我也不懂

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8楼2022-10-21 10:10:04
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9楼2022-10-21 10:14:20
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