应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 已知buckingham势里面的A,B,C项，怎么转化成LJ里面的C6，C12呢？
51/1返回列表
查看: 1269  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

楼1970-01-01 08:00:00
已阅   申请模拟EPI   回复此楼   编辑   查看我的主页

little_lion

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 992648352 at 2014-10-16 16:28:01
Buckingham里面的参数有三个，6-12 LJ中有两个能转化吗？可否作图，把Buckingham的势能图重新用6-12 LJ 拟合呢？？？之前碰到过这样的问题，可是一直不知道怎么办，我的情况是，模拟一个混合物A+B，文献中描述纯A的 ...

是，可能唯一的办法就是重新拟合了。
gmx有个命令sigeps：Sigeps is a simple utility that converts c6/c12 or c6/cn combinations to sigma and epsilon, or vice versa. It can also plot the potential in file.
In addition it makes an approximation of a Buckingham potential to a Lennard
Jones potential.貌似这个命令可以？
赞一下 回复此楼
3楼2014-10-16 18:40:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

992648352

银虫 (小有名气)
Buckingham里面的参数有三个，6-12 LJ中有两个能转化吗？可否作图，把Buckingham的势能图重新用6-12 LJ 拟合呢？？？之前碰到过这样的问题，可是一直不知道怎么办，我的情况是，模拟一个混合物A+B，文献中描述纯A的力场时Buckingham最好（准确），但是描述纯B的是6-12 LJ最好，模拟混合物A+B需要考虑到混合规则，参数不等的表达形式没法混合规则用混合规则。
赞一下 回复此楼
2楼2014-10-16 16:28:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

992648352

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by little_lion at 2014-10-16 18:40:35
是，可能唯一的办法就是重新拟合了。
gmx有个命令sigeps：Sigeps is a simple utility that converts c6/c12 or c6/cn combinations to sigma and epsilon, or vice versa. It can also plot the potential in fi ...

这就不清楚了,你可以询问下其他人。
赞一下 回复此楼
4楼2014-10-16 23:26:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hfxywhy

新虫 (初入文坛)
楼主你好，可以问一下这个buckingham势的组合规则的代码是什么吗？
或者楼主怎么解决这个问题的呢？
赞一下 回复此楼
5楼2017-01-09 16:27:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭