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Emille1991金虫 (初入文坛)
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[求助]
如何用fit2d处理GiSAXS数据，急！ 已有2人参与
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最近测试了样品的GiSAXS,可是不会用fit2的处理软件，按照李志宏老师的教程也不能导出，急求有人能教一下，最好能远程指导或者什么的，还有我想知道什么情况下要矩形积分，什么情况下扇形积分以及怎么给二维的谱图加上坐标。这个数据测出好久了，学校一直找不到人会处理，很着急，多谢大家了啊 图片1.png |
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FIT2D简明使用手册 FIT2D是由ESRF（European Synchrotron Radiation Facility）工作人员编写的一款软件，其功能较为丰富，本文仅就其小角散射部分进行介绍。 启动和运行 本软件无需安装和注册，直接在FIT2D文件夹下双击fit2d.exe文件即可开始运行，其界面包括文本窗口和图形窗口： 图1：文本窗口 图2：图形窗口 在图形窗口下单击I ACCEPT，进入程序初始化设置界面： 图3：初始化界面 单击X-DIMENSION按钮可对X轴初始长度进行设置，同样可设置Y轴，注意如果设置值小于载入图像的尺度，图像将不能完全显示。 MEMORY按钮用于为程序分配内存，如果设定为NO，则程序将不分配占用内存序列。通常设定为YES。 VARIANCE按钮将使程序占用双倍内存，通常设定为NO，仅当某些数据分析出错时开启。 设置完毕后，单击OK，进入主菜单： 图4：主菜单 小角散射分析 在主菜单下单击SAXS/GISAXS选项，进入小角散射数据分析界面（可以看出，此部分程序是由粉末衍射程序移植而来）。 图5：小角散射 点击INPUT键，输入文件： 图6：文件的读入 路径的默认值是在FIT2D文件夹下，左侧窗口可选择上一层或下一层文件夹，右侧显示文件名。注意：所有操作均为单击，与通常windows习惯不同。 图7：示例（衍射图） 文件打开后程序界面如图7 所示，其主要功能均以下方按键形式定义，下文将主要介绍两种数据采集模式。 确定光束线中心点 点击BEAM CENTER，进入子菜单。 图8：BEAM CENTER 本软件提供的定位方法包括2维高斯拟合、平均值定位、圆环定位、椭圆环定位等。常用的是2维高斯拟合，首先点击2D GAUSSIAN FIT： 图9：选择束线中心 根据图形概略的选择束线中心的位置，注意不能偏差太多。 图10：得到光束线中心 计算完毕，自动退回到小角散射界面。 求解光束线中心是一项重要的准备工作，下文将要介绍的两种数据采集模式都需要确定光束线中心。 PROJECTION模式 在此模式下，程序将提取经过中心的狭长条型区域内的像素，并得到径向上的强度变化曲线。 首先点击菜单中的PROJECTION，依据程序提示，选择积分区的终点。 图11：选取积分区长度 确定积分区长度后，依系统提示在积分线两侧各取一点，确定积分区宽度。 图12：选取积分区宽度 积分区完全确定后，按YES继续。 图13：积分区确定 输入实验设备数据：包括像素元大小、样品到成像板距离、光束的波长、中心位置、倾斜修正等，可点击相应按键进行更改： 图14 ：输入实验设备数据 选择扫描方式（可以有q值、2θ角、半径R等不同表示法）、是否归一化、几何校正等： 图15：扫描方式 最后，确认输出数据的位宽： 图16：输出位宽 点击OK后，运算开始。正常情况下，仅需数秒即可得到结果。运算结束后下方菜单自动跳转回小角散射界面。 图17：计算完毕 结果输出 点击OUTPUT按钮将计算所得结果输出为文件。 FIT2D提供了数种不同的数据输出格式，包括二进制文件、*.chi、*.cif等文件格式可供选择： 图18：文件类型选择 我们在这里选择CHIPOLT格式，因为它可以比较方便的使用windows自带的记事本进行编辑。 首先点击CHIPLOT，设定输出参数： 图19：输出参数设定 点击FILE NAME 可定义输出文件名及路径，下方的三个按钮用于定义输出的格式：行数或者列数。 存储后的文件用记事本打开如下： 图20：atest.chi 可以看到最上一行表明了原始数据文件的位置和名称，以及数据表达的内容（q空间）。纵列共有2126行，左侧为q坐标，右侧为强度值。 CAKE模式 在此模式下，程序将提取以光束线中心为圆心的扇形环区域的数据，并经积分得到径向强度的变化。 首先，输入文件后，在小角散射界面下点击CAKE： 图21：CAKE 下面进入了光束线中心子菜单，如果光束线中心已确定而且不需更改，可以点NO CHANGE跳过： 图22：确认光束线 选择扇形的起止角度，鼠标单击即可（默认的起点为0度，终点为360度）： 图23：选择起始角 选择径向起点（默认值为光束线中心）： 图24：选择积分内限 最后选择径向终点： 图25：选择积分外限 点击INTEGRATE即可进入积分运算，在进入下一步之前，仍可对已设定的诸参数进行更改： 图26：点击INTEGRATE 下一步输入的是实验设备数据：包括像素元大小、样品到成像板距离、光束的波长、中心位置、倾斜修正等，界面与PROJECTION模式下完全相同。 最后再一次确定积分区间，以及扫描方式（q值、2θ角、半径R等不同表示法）、是否需要归一化、偏振因子修正、几何校正等： 图27：积分选项 一切就绪后，点击OK开始计算。结果以2维图形显示。可以看出原本为扇形的区域被展开为矩形： 图28：结果 如果要得到一维的径向强度变化，可以在积分之前设定AZIMUTH BINS值为1 ： 图29：设定AZIMUTH BINS 即可得到一维结果： 图30：结果 输出结果的操作与PROJECTION模式下完全相同，不再赘述，仅以此为例介绍另一种文件格式。 PodwerCIF同样是一种可以用记事本进行编辑的文件格式，打开后的文件如下： 图31：atest.cif 可以看出它于.chi文件的不同之处在于只给出了强度，没有提供坐标的输出，取而代之的是积分的上下限和步长。 |
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Emille1991
2楼2014-10-12 21:03:24
Emille1991
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