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Emille1991

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[求助] 如何用fit2d处理GiSAXS数据，急！已有2人参与

最近测试了样品的GiSAXS,可是不会用fit2的处理软件，按照李志宏老师的教程也不能导出，急求有人能教一下，最好能远程指导或者什么的，还有我想知道什么情况下要矩形积分，什么情况下扇形积分以及怎么给二维的谱图加上坐标。这个数据测出好久了，学校一直找不到人会处理，很着急，多谢大家了啊

图片1.png

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1楼2014-10-12 20:36:33

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polypro

木虫 (正式写手)

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【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1

FIT2D简明使用手册
FIT2D是由ESRF（European Synchrotron Radiation Facility）工作人员编写的一款软件，其功能较为丰富，本文仅就其小角散射部分进行介绍。

启动和运行
本软件无需安装和注册，直接在FIT2D文件夹下双击fit2d.exe文件即可开始运行，其界面包括文本窗口和图形窗口：

                  图1：文本窗口

                     图2：图形窗口
在图形窗口下单击I ACCEPT，进入程序初始化设置界面：

      图3：初始化界面
单击X-DIMENSION按钮可对X轴初始长度进行设置，同样可设置Y轴，注意如果设置值小于载入图像的尺度，图像将不能完全显示。
MEMORY按钮用于为程序分配内存，如果设定为NO，则程序将不分配占用内存序列。通常设定为YES。
VARIANCE按钮将使程序占用双倍内存，通常设定为NO，仅当某些数据分析出错时开启。
设置完毕后，单击OK，进入主菜单：

图4：主菜单
小角散射分析
在主菜单下单击SAXS/GISAXS选项，进入小角散射数据分析界面（可以看出，此部分程序是由粉末衍射程序移植而来）。

图5：小角散射
点击INPUT键，输入文件：

图6：文件的读入
路径的默认值是在FIT2D文件夹下，左侧窗口可选择上一层或下一层文件夹，右侧显示文件名。注意：所有操作均为单击，与通常windows习惯不同。

图7：示例（衍射图）
文件打开后程序界面如图7 所示，其主要功能均以下方按键形式定义，下文将主要介绍两种数据采集模式。

确定光束线中心点
点击BEAM CENTER，进入子菜单。

图8：BEAM CENTER
本软件提供的定位方法包括2维高斯拟合、平均值定位、圆环定位、椭圆环定位等。常用的是2维高斯拟合，首先点击2D GAUSSIAN FIT：

图9：选择束线中心
根据图形概略的选择束线中心的位置，注意不能偏差太多。

图10：得到光束线中心
计算完毕，自动退回到小角散射界面。
求解光束线中心是一项重要的准备工作，下文将要介绍的两种数据采集模式都需要确定光束线中心。

PROJECTION模式
在此模式下，程序将提取经过中心的狭长条型区域内的像素，并得到径向上的强度变化曲线。
首先点击菜单中的PROJECTION，依据程序提示，选择积分区的终点。

图11：选取积分区长度
确定积分区长度后，依系统提示在积分线两侧各取一点，确定积分区宽度。

图12：选取积分区宽度
积分区完全确定后，按YES继续。

                  图13：积分区确定
输入实验设备数据：包括像素元大小、样品到成像板距离、光束的波长、中心位置、倾斜修正等，可点击相应按键进行更改：

图14 ：输入实验设备数据
选择扫描方式（可以有q值、2θ角、半径R等不同表示法）、是否归一化、几何校正等：

图15：扫描方式
最后，确认输出数据的位宽：

图16：输出位宽
点击OK后，运算开始。正常情况下，仅需数秒即可得到结果。运算结束后下方菜单自动跳转回小角散射界面。

图17：计算完毕

结果输出
点击OUTPUT按钮将计算所得结果输出为文件。
FIT2D提供了数种不同的数据输出格式，包括二进制文件、*.chi、*.cif等文件格式可供选择：

图18：文件类型选择
我们在这里选择CHIPOLT格式，因为它可以比较方便的使用windows自带的记事本进行编辑。
首先点击CHIPLOT，设定输出参数：

图19：输出参数设定
点击FILE NAME 可定义输出文件名及路径，下方的三个按钮用于定义输出的格式：行数或者列数。
存储后的文件用记事本打开如下：

图20：atest.chi
可以看到最上一行表明了原始数据文件的位置和名称，以及数据表达的内容（q空间）。纵列共有2126行，左侧为q坐标，右侧为强度值。

CAKE模式
在此模式下，程序将提取以光束线中心为圆心的扇形环区域的数据，并经积分得到径向强度的变化。
首先，输入文件后，在小角散射界面下点击CAKE：

图21：CAKE
下面进入了光束线中心子菜单，如果光束线中心已确定而且不需更改，可以点NO CHANGE跳过：

图22：确认光束线

选择扇形的起止角度，鼠标单击即可（默认的起点为0度，终点为360度）：

图23：选择起始角
选择径向起点（默认值为光束线中心）：

图24：选择积分内限
最后选择径向终点：

图25：选择积分外限
点击INTEGRATE即可进入积分运算，在进入下一步之前，仍可对已设定的诸参数进行更改：

图26：点击INTEGRATE
下一步输入的是实验设备数据：包括像素元大小、样品到成像板距离、光束的波长、中心位置、倾斜修正等，界面与PROJECTION模式下完全相同。
最后再一次确定积分区间，以及扫描方式（q值、2θ角、半径R等不同表示法）、是否需要归一化、偏振因子修正、几何校正等：

图27：积分选项
一切就绪后，点击OK开始计算。结果以2维图形显示。可以看出原本为扇形的区域被展开为矩形：

图28：结果

如果要得到一维的径向强度变化，可以在积分之前设定AZIMUTH BINS值为1 ：

图29：设定AZIMUTH BINS
即可得到一维结果：

图30：结果
输出结果的操作与PROJECTION模式下完全相同，不再赘述，仅以此为例介绍另一种文件格式。
PodwerCIF同样是一种可以用记事本进行编辑的文件格式，打开后的文件如下：

图31：atest.cif
可以看出它于.chi文件的不同之处在于只给出了强度，没有提供坐标的输出，取而代之的是积分的上下限和步长。

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Emille1991

泉涸,鱼相与处于陆,相呴以湿,相濡以沫,不如相忘于江湖。

2楼2014-10-12 21:03:24

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引用回帖:

2楼: Originally posted by polypro at 2014-10-12 21:03:24
FIT2D简明使用手册
FIT2D是由ESRF（European Synchrotron Radiation Facility）工作人员编写的一款软件，其功能较为丰富，本文仅就其小角散射部分进行介绍。

启动和运行
本软件无需安装和注册，直接在FIT2D文件 ...

您好，我之前有看过李志宏老师的教程，也用他的方法试过，也试过你提供的图，但是我不能导出正确的曲线，得到的是一条上下波动的类似噪音的曲线

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3楼2014-10-13 14:31:05

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