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313cr

新虫 (初入文坛)

[求助] 高GC含量基因PCR扩增不出条带已有9人参与

各位大神们,求助啊,最近在扩一个基因,GC含量含量为55.8%,不过5‘端GC含量太高了,引物不好设计,已经设计了好几对引物都没扩出来,有没有大神能给指点指点啊,基因序列:ATGGCGTCCAACGCCGCGGCTGCGGCGGCGGTGTCCCTGGACCAGGCCGTGGCGGCGTCGGCGGCGTTCTCGTCGCGGAAGCAGCTGCGGCTGCCCGCCGCGGCGCGCGGGGGGATGCGGGTGCGGGTGCGGGCGCGGGGGCGGCGGGAGGCGGTGGTGGTGGCGTCCGCGTCGTCGTCGTCGGTGGCAGCGCCGGCGGCGAAGGCGGAGGAGATCGTGCTCCAGCCCATCAGGGAGATCTCCGGGGCGGTTCAGCTGCCAGGGTCCAAGTCGCTCTCCAACAGGATCCTCCTCCTCTCCGCCCTCTCCGAGGGCACAACAGTGGTGGACAACTTGCTGAACAGTGAGGATGTTCACTACATGCTTGAGGCCCTGAAAGCCCTCGGGCTCTCTGTGGAAGCAGATAAAGTTGCAAAAAGAGCTGTAGTCGTTGGCTGTGGTGGCAAGTTTCCTGTTGAGAAGGATGCGAAAGAGGAAGTGCAACTCTTCTTGGGGAACGCTGGAACTGCAATGCGACCATTGACAGCAGCCGTGACTGCTGCTGGTGGAAATGCAACTTATGTGCTTGATGGAGTGCCACGAATGAGGGAGAGACCGATTGGTGACTTGGTTGTCGGGTTGAAACAACTTGGTGCGGATGTCGACTGTTTCCTTGGCACTGAATGCCCACCTGTTCGTGTCAAGGGAATTGGAGGACTTCCTGGTGGCAAGGTTAAGCTCTCTGGTTCCATCAGCAGTCAGTACTTGAGTGCCTTGCTGATGGCTGCTCCTTTGGCCCTTGGGGATGTGGAGATCGAAATCATTGACAAACTAATCTCCATTCCTTACGTTGAAATGACATTGAGATTGATGGAGCGTTTTGGTGTGAAGGCAGAGCATTCTGATAGTTGGGACAGATTCTATATTAAGGGAGGGCAGAAGTACAAATCTCCTGGAAATGCCTATGTTGAAGGTGATGCCTCAAGCGCGAGCTATTTCTTGGCTGGTGCTGCAATCACTGGAGGCACTGTGACAGTTCAAGGTTGTGGTACGACCAGTTTGCAGGGTGATGTCAAATTTGCTGAGGTACTTGAGATGATGGGAGCAAAGGTTACATGGACTGACACCAGTGTAACCGTAACTGGTCCACCACGTGAGCCTTATGGGAAGAAACACCTGAAAGCTGTTGATGTCAACATGAACAAAATGCCTGATGTTGCCATGACCCTTGCCGTTGTTGCACTCTTCGCTGATGGTCCAACTGCTATCAGAGATGTGGCTTCCTGGAGAGTAAAGGAAACCGAAAGGATGGTTGCAATTCGGACCGAGCTAACAAAGCTGGGAGCATCGGTTGAAGAAGGTCCTGACTACTGCATCATCACCCCACCGGAGAAGCTGAACATCACGGCAATCGACACCTACGATGATCACAGGATGGCCATGGCCTTCTCCCTCGCTGCCTGCGCCGACGTGCCCGTGACGATCAGGGACCCTGGTTGCACCCGCAAGACCTTCCCCAACTACTTCGACGTTCTAAGCACTTTCGTCAGGAACTGA
我是想要扩基因的全长,酶用过宝生物的LA Taq、rTaq酶、HOT star等,都没扩出来,中间有一次用KOD酶扩出来条带过,不过特异性不好,而且第二次一样的条件再扩就又扩不出来了,cDNA是用内参检测过了,别的同学扩其他基因也能扩出来,cDNA应该没问题,实在是不知道怎么弄了。
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270782719

新虫 (小有名气)


大家这个问题还是用全式金的高保真酶fly,我用它扩增过78%gc含量的基因

发自小木虫Android客户端
21楼2018-07-13 06:22:33
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lihe131

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香,分子生物期待你更多精彩。 2014-10-11 19:04:22
我记得在扩GC含量高的片段时,有专门的GC buffer,你试试看吧。
祝成功!
2楼2014-10-11 14:57:42
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jian212

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香,分子生物期待你更多精彩。 2014-10-11 19:04:32
绕过高GC部分设计PCR引物
在前面取200-400的位置重新设计引物.
在不行的话直接找公司帮你试吧
学习再学习,努力再努力。
3楼2014-10-11 15:46:51
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fanwq258

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香,分子生物期待你更多精彩。 2014-10-11 19:04:40
primerstar with GC buffer  你试试 我75%多的GC可以扩出来
要么好好活,要么死,拒绝半死不活
4楼2014-10-11 16:08:28
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