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cloudsea163

金虫 (著名写手)

[交流] [求助]gromacs中的g_angle命令

我首先用mk_angndx生成angle.ndx
然后用  g_angle -f md_t.trr -s md.tpr -n angle.ndx -od angdist.xvg
出现如下内容:
Group     0 (Theta=109.5_460.2) has  8658 elements
Group     1 (Theta=111.4_460.2) has  8658 elements
Group     2 (Theta=110.3_460.2) has  2886 elements
Group     3 (Theta=109.5_397.5) has  2886 elements
Select a group:
我键入 0 后回车
就出现了这样的错误:Software inconsistency error:
Not supported in get_stx_coordnum

我还想问一下,怎么知道我求的那个角度在那个Group, 又如何选择我所需计算的那个角度阿
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路漫漫其修远兮,吾将上下而求索!
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luai071

木虫 (著名写手)

★ ★ ★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢
cloudsea163(金币+2,VIP+0):谢谢
0一般是整个系统的代号,你所需要的一般是特定的某些基团吧,所以建议你先生成自己的group。
4楼2008-04-28 09:22:01
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shalene

至尊木虫 (著名写手)


lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢
用vmd吧,直观很多
2楼2008-04-25 18:43:09
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cloudsea163

金虫 (著名写手)

我知道用VMD可以很直观地看 但是关键是我用分析它的某一特定家角度的变化 作图阿
路漫漫其修远兮,吾将上下而求索!
3楼2008-04-27 22:21:42
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