24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 823  |  回复: 3
当前主题已经存档。
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

cloudsea163

金虫 (著名写手)

[交流] [求助]gromacs中的g_angle命令

我首先用mk_angndx生成angle.ndx
然后用  g_angle -f md_t.trr -s md.tpr -n angle.ndx -od angdist.xvg
出现如下内容:
Group     0 (Theta=109.5_460.2) has  8658 elements
Group     1 (Theta=111.4_460.2) has  8658 elements
Group     2 (Theta=110.3_460.2) has  2886 elements
Group     3 (Theta=109.5_397.5) has  2886 elements
Select a group:
我键入 0 后回车
就出现了这样的错误:Software inconsistency error:
Not supported in get_stx_coordnum

我还想问一下,怎么知道我求的那个角度在那个Group, 又如何选择我所需计算的那个角度阿
回复此楼
路漫漫其修远兮,吾将上下而求索!
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cloudsea163

金虫 (著名写手)

我知道用VMD可以很直观地看 但是关键是我用分析它的某一特定家角度的变化 作图阿
路漫漫其修远兮,吾将上下而求索!
3楼2008-04-27 22:21:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 4 个回答

shalene

至尊木虫 (著名写手)


lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢
用vmd吧,直观很多
2楼2008-04-25 18:43:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

luai071

木虫 (著名写手)

★ ★ ★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢
cloudsea163(金币+2,VIP+0):谢谢
0一般是整个系统的代号,你所需要的一般是特定的某些基团吧,所以建议你先生成自己的group。
4楼2008-04-28 09:22:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 本科新能源科学与工程,一志愿华理能动285求调剂 +3 AZMK 2026-03-28 6/300 2026-03-28 17:29 by AZMK
[考研] 332求调剂 +3 @MZB382400 2026-03-28 3/150 2026-03-28 16:55 by JourneyLucky
[考研] 一志愿中南大学化学0703总分337求调剂 +5 niko- 2026-03-27 5/250 2026-03-28 14:25 by 唐沐儿
[考研] 321求调剂 +6 材料cailiao 2026-03-21 6/300 2026-03-28 13:14 by 唐沐儿
[考研] 283求调剂 +7 A child 2026-03-28 7/350 2026-03-28 12:05 by zllcz
[考研] 331环境科学与工程求调剂 +3 熠然好运气 2026-03-27 3/150 2026-03-28 04:11 by fmesaito
[考研] 295求调剂 +5 1428151015 2026-03-27 6/300 2026-03-28 04:04 by fmesaito
[考研] 求调剂 +4 零八# 2026-03-27 4/200 2026-03-27 18:07 by yu221
[考研] 材料292调剂 +12 橘颂思美人 2026-03-23 12/600 2026-03-27 15:44 by caszguilin
[考研] 化学308分求调剂 +8 你好明天你好 2026-03-23 9/450 2026-03-27 14:01 by 杨光于青云
[考研] 一志愿华东理工大学081700,初试分数271 +6 kotoko_ik 2026-03-23 7/350 2026-03-27 12:29 by 惠州彭于晏
[考研] 一志愿郑大085600,310分求调剂 +5 李潇可 2026-03-26 5/250 2026-03-27 11:14 by 不吃魚的貓
[考研] 324求调剂 +5 hanamiko 2026-03-26 5/250 2026-03-27 10:33 by wangjy2002
[考研] 调剂 +4 柚柚yoyo 2026-03-26 4/200 2026-03-26 20:43 by fmesaito
[考研] 352求调剂 +4 大米饭! 2026-03-22 4/200 2026-03-26 16:40 by 不吃魚的貓
[考研] 081700 调剂 267分 +11 迷人的哈哈 2026-03-23 11/550 2026-03-26 15:41 by zzll406
[考研] 299求调剂 +4 15188958825 2026-03-25 4/200 2026-03-25 22:56 by 418490947
[考研] 086003食品工程求调剂 +6 淼淼111 2026-03-24 6/300 2026-03-25 10:29 by 3Strings
[考研] 一志愿河北工业大学0817化工278分求调剂 +7 jhybd 2026-03-23 12/600 2026-03-24 09:03 by jhybd
[考研] 384求调剂 +3 子系博 2026-03-22 6/300 2026-03-23 21:45 by 子系博
信息提示
请填处理意见