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txcokokok

木虫 (小有名气)

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[交流] vasp 5.2 安装过程 (串行+并行）+(32位+64位) + ifort +intel MKL+ openmpi已有21人参与

刚刚接触linux,第一次在小木虫上发帖子，写一下自己安装的详细步骤，以供初学者参考。我自己各种baigooledu,装了8天才装好，希望这个帖子能帮别人少走弯路，如果都按我这样安装应该不会出什么问题，一天就搞定了。为了初学者考虑，很多地方写的比较罗嗦，大牛们别喷，如果哪里写的不对还请及时指正，多谢多谢！！

#系统：Ubuntu 12.04 32位和64位都成功了，这是经过intel公司测试的系统，或者11.10，在ifort安装包中有说明文件，其他ifort版本建议安装说明书中的系统，否则可能会因为不兼容，出现base.f90之类的错误。
#Fortran: ifort:parallel_studio_xe_2013_update2,可在官网：software.intel.com/en-us/articles/non-commercial-software-download/下载，或者在百度网盘下载：http://pan.baidu.com/s/1o6sPd8m 。
#Intel 的 MKL
#openmpi
#VASP 5.2.2
（在4.6上也编译成功了，过程基本一致，但makefile文件有所不同，在最后贴出，不同版本请不要混用。）

###############初学者知识普及##################
#ifort,gfortran,pgifortran 是一类的。
（选一个安装就好了，其中ifort（Intel fortran composer通常自带compiler和MKL库。
附：gfortran安装：sudo apt-get install gfortran；通过命令“gfortran -v”，可以查看
   gfortran是否安装成功。
   参考：http://blog.sina.com.cn/s/blog_6dd65c6f0100y793.html

#Intel 的 MKL和GotoBlas，ATLAS 是一类的。
（也可都不安装，使用VASP自带数据库）

#vasp自带的fft和fftw是一类的

##################安装过程#####################
建议使用root账户安装所有文件，步骤：
1.获取root权限：sudo passwd root，按提示输入密码
2.sudo su
3.若已使用root账户，但安装过程仍提示没有权限，可用该命令获取运行读写文件权限：chmod -R +rwx 目录
4.如需修改根目录/下的文件，除了root后使用vi 或 vim 编辑器；还可以使用nautilus命令打开一个root账户的主窗口，享有读写保存任何文件的权限。普通账户使用sudo nautilus。

一.环境包
1.以下软件需要自行安装
sudo apt-get install build-essential
sudo apt-get install gcc-multilib
sudo apt-get install libstdc++5
sudo apt-get install openjdk-6-jre-headless

以下为12.04系统默认自带，建议检查，使用g++ -v之类的代码；注意gcc和g++的版本应一致。
sudo apt-get install g++

参考:
1.http://blog.163.com/fj_ltls/blog/static/138027111201063184339602/
2.http://www.linuxidc.com/Linux/2012-07/65070.htm

以下视情况安装。
#安装amd64版本的编译器也需要一些32位库支持，使用命令安装：
sudo apt-get install ia32-libs
sudo apt-get install lib32stdc++6
sudo apt-get install libc6-dev-i386
sudo apt-get install g++-multilib

二.安装inter fortran compiler 2013
1.cd 目录
2../install.sh
3.ENTER
4.view license,一路空格，最后accept
5.Alternative activation, use a license file, provide the full path, 输入：目录/lic文件名（具体内容可能有出入）
6.可选择Typical Install全部安装，或只安装inter fortran composer, 安装包具体内容可参考说明文件。
7.目录已存在，因为里面放了刚才的lic文件，所以无所谓，overwrite yes。后面省略，安装完成。
8.加入环境路径，使用刚才提到的nautilus命令，打开主窗口，在主目录下（通常为/home/你的用户名，也就是打开终端时显示的路径)按ctrl+h,显示隐藏文件，打开.bashrc, 在最后插入

source /opt/intel/bin/ifortvars.sh ia32
source /opt/intel/composer_xe_2013.2.146/mkl/bin/mklvars.sh ia32

（根据情况改代码目录，32位用ia32, 64位用intel64。intel文件夹中会有多个ifortvars.sh文件，bin目录下是一个索引之类的文件，composer_xe_2013.2.146目录下的则只有一句路径代码，选择bin下的也会指到composer_xe_2013.2.146去，所以选择哪个无太大关系。）
9.cd 主目录，source .bashrc （以后若出现 make：找不到ifort，gfortran 命令、文件之类的，再source .bashrc一下就好了）
10.验证：which ifort显示路径;
测试：新建文本文档，文件名hello.f90，文本如下：
program main
write(*,*) "hello"
stop
end
终端输入：cd 目录，ifort -o hello hello.f90，运行./hello, 出现hello.

三.安装fftw
(奔腾4以上机子可以提速，具体请自行测试；这里提供安装方法，也可不用，vasp中已包含fft)
1.下载：http://www.fftw.org/
2.解压
3.cd 目录
4. ./configure --prefix=目录
5.make
6.make install
7.把fftw/api/fftw3.f拷贝到VASP.5.2文件夹下

参考：
1：http://wangzongguo122.blog.163.c ... 122012111393011404/
2.http://www.linuxidc.com/Linux/2007-04/3529p2.htm

以下提供串行和并行两种安装方法，内容没有联系，选择一种即可。
#################串行安装方法###############
四.安装vasp 5.2
（重要：每次修改了makefile.linux_ifc_P4后，建议删掉整个5.2或者5.lib的文件夹重新插入makefile.linux_ifc_P4；5.2的文件夹还需插入fftw3.f；或者使用命令清除结果文件，具体命令自学）
1.下载，解压
2.修改 vasp.5.lib 下的makefile.linux_ifc_P4文件，FC=ifc改为 FC=ifort
3.cd 主目录(/home/txc), source .bashrc
4. cd vasp.5.lib目录
5.cp makefile.linux_ifc_P4 makefile
6.make（成功应生成libdmy.a)

7.修改 vasp.5.2 下的makefile.linux_ifc_P4文件 (-L：指定lib库路径，-l：指定库文件名,具体目录自行修改)
FC=ifort

BLAS=-L/opt/intel/composer_xe_2013.2.146/mkl/lib/ia32 -lmkl_intel -lmkl_sequential -lpthread -lmkl_core
（BLAS有多处，根据mkl还是gotoblas具体修改；四个库文件顺序有一定要求，名字根据情况修改，若改错了可能会报 undefined reference 的错误）

LAPACK=-L/opt/intel/composer_xe_2013.2.146/mkl/lib/ia32  -lmkl_intel -lmkl_sequential -lpthread -lmkl_core

FFT3D = fftw3d.o fft3dlib.o /home/txc/install/fftw-3.3.4/lib/libfftw3.a
(用#注释掉其他同类项）

8.cd 主目录(/home/txc),source .bashrc
9.把fftw/api/fftw3.f拷贝到VASP.5.2文件夹下
10.cd vasp.5.2目录
11.cp makefile.linux_ifc_P4 makefile
make（成功应生成名为 vasp 的可执行程序)

#################并行安装方法###############
五.安装openmpi
1.下载:http://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.8/
2.解压
  cd 主目录 /home/txc , source .bashrc
3.cd 目录
4. ./configure --prefix=目录 CC=icc CXX=icpc F77=ifort FC=ifort
（若不加 CC=icc CXX=icpc F77=ifort FC=ifort ，则用gcc编译）
5.make all install
6.在openmpi目录下新建一个openmpi.sh ，内容如下，目录自改

export PATH=/home/txc/install/openmpi-1.8.2/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/txc/install/openmpi-1.8.2/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export MANPAH=/home/txc/install/openmpi-1.8.2/share/man:$MANPATH

然后在.bashrc最后插入
source /home/txc/install/openmpi-1.8.2/openmpi.sh
7.cd 主目录(/home/txc), source .bashrc
（路径加入bashrc后，每次启用当前账户都会自动添加路径，但每次切到root账户后需再次输入source .bashrc，否则会报gfortran 找不到文件的错误）
检验：
1.$echo $PATH
   $echo $LD_LIBRARY_PATH
结果中显示有刚才的bin和lib路径则为配置成功
2.which mpirun
应显示/home/txc/install/openmpi-1.8.2/bin/mpirun 之类
3.切换到普通账户，以免提示root账户会修改系统文件的问题
      cd 目录/examples
      make
   mpirun -np 2 hello_c （2为双核）
   应出现：
Hello, world, I am 0 of 2
Hello, world, I am 1 of 2

参考：
1.http://blog.sina.com.cn/s/blog_8f86de6b0101ayav.html

六.VASP设置
1.修改5.lib的makefile.linux_ifc_P4
FC=ifc 改为 FC=ifort
FFLAGS = -O0 -FI 改为 FFLAGS = -O2 -FI
2.cd 主目录(/home/txc),source .bashrc
  cd lib目录
  cp makefile.linux_ifc_P4 makefile
  make（成功应生成libdmy.a)

3.修改5.2的makefile.linux_ifc_P4
（没有提到的可保持原样，同个位置的blas 和lapack注意注释掉其它的同类项）
FC=ifc 改为 FC=ifort
OFLAG=-O3 改为 OFLAG=-O3 -xhost -ip -funroll-loops

32：BLAS=-L/opt/intel/composer_xe_2013.2.146/mkl/lib/ia32 -lmkl_intel -lmkl_sequential -lpthread -lmkl_core
64：BLAS=-L/opt/intel/composer_xe_2013.2.146/mkl/lib/intel64 -lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lpthread -lmkl_core

32：LAPACK=-L/opt/intel/composer_xe_2013.2.146/mkl/lib/ia32  -lmkl_intel  -lmkl_sequential -lpthread -lmkl_core
64：LAPACK=-L/opt/intel/composer_xe_2013.2.146/mkl/lib/intel64 -lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lpthread -lmkl_core

若用vasp自带的fft:FFT3D = fft3dfurth.o fft3dlib.o （建议先用自带的测试，成功再使用fftw，以免出问题不知是否是fftw安装出错）
若用fftw:FFT3D = fftw3d.o fft3dlib.o /home/txc/install/fftw-3.3.4/lib/libfftw3.a

FC=mpif77 改为 FC=mpif90

去掉以下代码的#
FCL=$(FC)

CPP = $(CPP_) -DMPI  -DHOST=\"LinuxIFC\" -DIFC \
-Dkind8 -DCACHE_SIZE=4000 -DPGF90 -Davoidalloc -DNGZhalf \ 改为 -DCACHE_SIZE=4000 -DPGF90 -Davoidalloc \
-DMPI_BLOCK=8000 改为 -DMPI_BLOCK=500  \

BLACS=$(HOME)/archives/SCALAPACK/BLACS/
SCA_=$(HOME)/archives/SCALAPACK/SCALAPACK

SCA= $(SCA_)/libscalapack.a  \
$(BLACS)/LIB/blacsF77init_MPI-LINUX-0.a $(BLACS)/LIB/blacs_MPI-LINUX-0.a $(BLACS)/LIB/blacsF77init_MPI-LINUX-0.a

LIB    = -L../vasp.5.lib -ldmy  \
   ../vasp.5.lib/linpack_double.o  \
   $(SCA) $(LAPACK) $(BLAS)

若用vasp自带的fft: FFT3D = fftmpi.o fftmpi_map.o fft3dfurth.o fft3dlib.o
若用fftw: FFT3D = fftmpi.o fftmpi_map.o fftw3d.o fft3dlib.o /home/txc/install/fftw-3.3.4/lib/libfftw3.a
4.把fftw/api/fftw3.f拷贝到VASP.5.2文件夹下
  cd 主目录(/home/txc),source .bashrc
  cd 5.2目录
  cp makefile.linux_ifc_P4 makefile
  make（成功应生成名为 vasp 的可执行程序)

参考：
1.vasp 标准安装文档：
http://wenku.baidu.com/link？url=QKGImmk0_iKGpieLKAimZ1kqOI3d4Zw_KUhT9iW1Qm6ipc4TjiO9KF6_ZycoP66crMsEL_6pjj1mbII1C1U5IcB4aw_fj72Qte2OdTiKuy_
2.曙光HPC调试手册
http://www.docin.com/p-570224760.html
（这是卖软件的人写的安装教程，4.6的，比较权威，可惜没早看到）
3.相关软件和makefile文件：http://yun.baidu.com/share/link? ... amp;amp;uk=85263699

修订：
五.安装openmpi
export MANPAH=/home/txc/install/openmpi-1.8.2/share/man:$MANPATH
MANPAH 改为MANPATH
export MANPATH=/home/txc/install/openmpi-1.8.2/share/man:$MANPATH

[ Last edited by txcokokok on 2014-10-20 at 10:13 ]

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There are one or more optional unresolved issues. It is highly recommended to
resolve them all before you continue the installation. You can fix them without
exiting from the installation and re-check. Or you can quit from the
installation, fix them and run the installation again.
--------------------------------------------------------------------------------
Missing optional pre-requisites
-- Intel(R) VTune(TM) Amplifier XE 2013 Update 4: unsupported OS
-- Intel(R) Inspector XE 2013 Update 4: unsupported OS
-- Intel(R) Advisor XE 2013 Update 2: unsupported OS
-- Intel(R) Composer XE 2013 Update 2 for Linux*: unsupported OS
--------------------------------------------------------------------------------

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