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Roseshu

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】二价Hg离子用什么基组和赝势合适

我需要优化的体系 是 一个有机分子络合一个Hg离子,请教大家Hg用什么基组和赝势合适呢?  一般这样的配位键长度在什么范围?
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hairan

木虫 (著名写手)

瞌睡木虫

★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与,欢迎继续关注计算模拟版!
对于Hg元素,除了常见的一些赝势基组,比如lanl2dz, dgdzvp等,
近几年已经有相关一致基组(cc-pvXZ-pp, X=D,T,Q,5,6)发表出来了,可以更好地描述分子性质,
因此,如果LZ的体系不大,可以使用相关一致基组。
可以在这个网站获得gaussian中没有的基组。
https://bse.pnl.gov/bse/portal
据权威报纸调查,84%的青少年犯罪者有玩电子游戏的经历,故应该禁止经营电子游戏。据我们所知,100%的青少年犯罪者有穿鞋的经历,故制鞋厂应该停业。
2楼2008-04-24 17:06:34
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Roseshu

金虫 (正式写手)

非常感谢楼上,你是计模的常客了
体系有点大的,可能相关一致性基组代价太大了。
还想请问下,有文献上说用“stuttgart relativistic small core basis set (8s8p7d to 6s6p4d contraction)with effective core potential”,这是个什么赝势呢?
3楼2008-04-24 17:36:05
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hairan

木虫 (著名写手)

瞌睡木虫

★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢
引用回帖:
Originally posted by Roseshu at 2008-4-24 17:36:
非常感谢楼上,你是计模的常客了
体系有点大的,可能相关一致性基组代价太大了。
还想请问下,有文献上说用“stuttgart relativistic small core basis set (8s8p7d to 6s6p4d contraction)with effective  ...

如果只有一个Hg,使用aug-cc-pVDZ-pp还是可以承受的,这个基组的大小和6-31+G*差不多,精确性却好了很多。
你提到的这个基组在我给出的那个网站中也能找到,不过好像不比Aug-cc-pVDZ-pp小,获取基组的时候别忘了选择软件类型为Gaussian94,这样得到的是Gaussian格式基组。

[ Last edited by hairan on 2008-4-25 at 09:53 ]
据权威报纸调查,84%的青少年犯罪者有玩电子游戏的经历,故应该禁止经营电子游戏。据我们所知,100%的青少年犯罪者有穿鞋的经历,故制鞋厂应该停业。
4楼2008-04-25 09:50:45
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huahua1981

铜虫 (小有名气)

★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
#p rb3lyp nosymm guess=core gen pseudo=read scfcyc=300
optcyc=300
C H S 0
6-31g(d,p)
****
Au 0
lanl2dz
****

Au 0
lanl2dz
我的是金的 你的按这个应该没错
5楼2008-04-25 10:02:37
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hairan

木虫 (著名写手)

瞌睡木虫

★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
引用回帖:
Originally posted by huahua1981 at 2008-4-25 10:02:
#p rb3lyp nosymm guess=core gen pseudo=read scfcyc=300
optcyc=300
C H S 0
6-31g(d,p)
****
Au 0
lanl2dz
****

Au 0
lanl2dz
我的是金的 你的按这个应该没错

lanl2dz这个基组只是double zeta,太小了,你对C H S等使用了6-31g**,那么对金属也应该加上极化函数,至少也要用到cc-pVDZ-pp水平上,弥散函数Aug是否需要加在视情况而定,否则你的体系使用的基组就有些不对称。
如果我是审稿人,肯定对你的基组使用提出质疑。
据权威报纸调查,84%的青少年犯罪者有玩电子游戏的经历,故应该禁止经营电子游戏。据我们所知,100%的青少年犯罪者有穿鞋的经历,故制鞋厂应该停业。
6楼2008-04-25 15:43:37
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huahua1981

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by hairan at 2008-4-25 15:43:


lanl2dz这个基组只是double zeta,太小了,你对C H S等使用了6-31g**,那么对金属也应该加上极化函数,至少也要用到cc-pVDZ-pp水平上,弥散函数Aug是否需要加在视情况而定,否则你的体系使用的基组就有些不对 ...

你说的这些我不是太懂 我看了发表的文献 也是这样算得
7楼2008-04-27 16:39:40
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hairan

木虫 (著名写手)

瞌睡木虫

★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢
引用回帖:
Originally posted by huahua1981 at 2008-4-27 16:39:

你说的这些我不是太懂 我看了发表的文献 也是这样算得

lanl2dz中的dz就是double zeta,有时中文翻译为双收缩基,cc-pVDZ中DZ也是这个意思,如果是三收缩基,英文名称后缀一般是tz(triple zeta),如cc-pVTZ,常用的6-311g也是三收缩基基组。在相关一致基组系列中还提供了四收缩基以上的基组,分别叫qz,5z,6z等。收缩基数目越多,因为基组产生的误差就越小,前提是有与之相对应弥散和极化函数。
你使用的基组中,lanl2dz只是一个double zeta的基组,默认的基组中没有极化函数,也没有弥散函数,但6-31g(d,p)虽然也是一个double zeta基组,但使用了(d,p)添加极化基组,因此就出现了基组的不对称,所以我才建议使用cc-pVDZ来达到基组的平衡,这样起码审稿人不会因为你的基组使用难为你。
别人发了文章并不一定代表他的基组使用就好,如果体系中有很多个金属,从lanl2dz到cc-pVDZ会增加很大的计算量,为了计算效率的考虑,可以不换,如果只有一两个金属,换过来不会提高很多计算量,但能很大程度提高你的文章在审稿人心中的分量。

[ Last edited by hairan on 2008-4-28 at 22:05 ]
据权威报纸调查,84%的青少年犯罪者有玩电子游戏的经历,故应该禁止经营电子游戏。据我们所知,100%的青少年犯罪者有穿鞋的经历,故制鞋厂应该停业。
8楼2008-04-28 21:42:54
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