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李少珂

铜虫 (初入文坛)

[求助] 紧急求助:微卫星(SSR)数据分析,想用popgene32,怎样将条带数据转化成基因型数据? 已有1人参与

紧急求助:微卫星(SSR)数据分析,想用popgene32,怎样将条带数据转化成基因型数据?
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dsrocean

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

我做的一个ssr数据这样的格式:(竖列1-11表示个体,在popgene中应该可以省掉,横行上面为位点,一个位点两等位基因,群体中为多态,故数值较大,一个ssr位点分为两个等位基因位置)(请参考)(许多年没用了,细节忘记了。)
        EN0018a        EN0018b        EN0033a        EN0033b        RS062a        RS062b        RS0622a        RS0622b        RS0653a        RS0653b        RS0683a        RS0683b        RS0859a        RS0859b        RS0956a        RS0956b
1        4        4        4        9        1        4        4        5        2        3        8        8        2        3        1        1
2        4        4        9        14        2        5        4        6        2        4        11        13        2        3        1        6
3        5        6        4        7        6        6        5        7        2        5        4        11        3        4        3        3
4        3        3        3        5        1        3        2        4        5        5        11        12        3        4        2        4
5        4        5        2        13        1        4        3        5        3        4        9        10        3        4        2        2
6        3        5        2        13        1        4        3        5        2        4        8        9        3        5        2        6
7        5        6        5        8        6        6        7        7        2        4        4        6        3        3        2        5
8        3        3        5        11        3        5        4        5        3        3        8        9        5        6        4        4
9        4        6        2        6        1        3        2        4        2        2        9        11        5        6        6        6
10        3        3        11        16        2        3        3        4        3        3        13        13        3        5        5        7
11        5        5        5        8        3        6        4        6        3        3        3        11        4        4        4        5
3楼2014-10-01 11:23:38
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dsrocean

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

请参考如下格式,仅供参考(0,1矩阵用于rapd类,ssr是否可以用0,1,2来表示呢?)
说明文字
群体数目=?
位点数目
位点名称(对应位点数目个数)
群体一
第一个位点有条带1,没有条带0.(第一个个体)
第一个位点有条带1,没有条带0.(第二个个体)
……

群体二
群体三
……=群体数目
2楼2014-10-01 11:17:31
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