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fengshiquan

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] MS建模问题 已有1人参与

已经用gaussview建立一个离子液体对,并导入到MS中了,请问如何在MS中建立盒子、添加一定数目的离子液体,请各位虫友指教,谢谢
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fengshiquan

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 赵红霞 at 2014-09-22 09:06:41
你在GaussianView里不必建离子对啊,就建单个离子,因为离子在溶液环境下是分散的,然后将离子分别倒入到MS,赋予它们力场和电荷,然后在MS里有一个Amorphous Cell模块,选calculation,出来一个选择框,选中你要加 ...

弱弱的问一下如何对导入MS的离子赋予力场和电荷,谢谢了,没做个类似研究,因此可能问的有点浅显了,还望指教,谢谢你了
3楼2014-09-22 22:44:50
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
fengshiquan: 金币+20, ★★★很有帮助, 谢谢你的回复,我去试一下,有问题再请教你 2014-09-22 21:56:19
你在GaussianView里不必建离子对啊,就建单个离子,因为离子在溶液环境下是分散的,然后将离子分别倒入到MS,赋予它们力场和电荷,然后在MS里有一个Amorphous Cell模块,选calculation,出来一个选择框,选中你要加入的离子和在其右边水设置好粒子个数,设置好密度,还有其他的一些设置,如力场、范得华力和静电力。这样就可以了。
另,若你不知道准确密度,可先设一个大概密度,然后NPT跑动力学,从输出文件里就可以知道准确密度了
2楼2014-09-22 09:06:41
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by fengshiquan at 2014-09-22 22:44:50
弱弱的问一下如何对导入MS的离子赋予力场和电荷,谢谢了,没做个类似研究,因此可能问的有点浅显了,还望指教,谢谢你了...

这个小木虫里很多,自己搜一下,搜不到再问我吧
4楼2014-09-23 09:41:02
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