木虫 (著名写手)
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suntao1982(金币+3,VIP+0):谢谢交流!
老问题再度提出！－－二维电子密度图
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前面已经有人提出了，但是已经沉底了，懒得去翻，再重新提出，斑竹不要删喔！
闲话少说，言归正传。
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1、首先计算出电子密度，这个不用讲了；
2、然后，选中3D原子文件，分析，选电子密度，同时选上等值面；
3、先save－－>好像和acridine兄说的不同，没有发现有.grd文件，但是目录中会多出一个.charg_frm文件。我想这个就应该是了。
它的文件格式为：
a b c Charge
1 1 1 20.4291333179468
2 1 1 21.703304660858524
3 1 1 25.528902136817084
4 1 1 31.530000049221105
5 1 1 39.074431775541491
6 1 1 46.869700929673286
....................................................
这里我发现，无论是单胞还是原胞，其存的文件内容完全相同，但是名字不同。
4、这时候你如果import的话，就会看见电子密度图了。
5、下面就到问题的关键了，用MATLAB转换绘图。
1）从上面的文件内容我们可以知道，其内容格式十分整齐，就是a b c 坐标然后跟着该点上的电荷密度，而且坐标都是整数。
我计算的材料是正交系的，三个角都是直角，而且a b c的值都是1到45，于是可以偷懒。
2）数据的输入及转换
在MATLAB中，用csvread先读入电子密度，设为V;
再重整：V=RESHAPE(v,45,45,45)；
格式我对了，没有问题；
3）坐标点的整理
先在MS中确定用a面，就是b,c面，和a轴垂直的，那个面（100），得到一组
normal和 position属性，position假定为3.17
然后mesh格点：
[sy,sz]=meshgrid(1:45,1:45)
sx=zeros(45,45)+3.17
这样数据就整理好了。
4）绘图
绘图：
contourslice(V,sx,sy,sz)
我用contourslice(V,sx,sy,sz)去画，结果和想想的一点都不一样。
呵呵，结果不是那样的。
哪儿出问题了？
请教！
请做过的师兄指教，谢谢！ |
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