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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » 【求助】怎样得到电荷密度图
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ocean08

木虫 (著名写手)

做人要开心

[交流] 【求助】怎样得到电荷密度图

弱弱的问一下，在许多文献中都看到电荷密度图，请问他是怎么算出来的？在castep中如何得到如下图所示这样的电荷密度图？
请各位大侠不吝赐教

[ Last edited by freshgirl on 2009-6-26 at 16:31 ]
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以一无所知和无所不知的方式去思考；以即将赴死和永生不死的态度去生活。
1楼2008-04-22 09:30:04
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ocean08

木虫 (著名写手)

做人要开心

转载的

★ ★ ★
suntao1982(金币+3,VIP+0):谢谢交流!
老问题再度提出！－－二维电子密度图
－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－
前面已经有人提出了，但是已经沉底了，懒得去翻，再重新提出，斑竹不要删喔！
闲话少说，言归正传。
－－－－－－－－－－－－－
1、首先计算出电子密度，这个不用讲了；
2、然后，选中3D原子文件，分析，选电子密度，同时选上等值面；
3、先save－－>好像和acridine兄说的不同，没有发现有.grd文件，但是目录中会多出一个.charg_frm文件。我想这个就应该是了。
它的文件格式为：
a b c Charge
1 1 1 20.4291333179468
2 1 1 21.703304660858524
3 1 1 25.528902136817084
4 1 1 31.530000049221105
5 1 1 39.074431775541491
6 1 1 46.869700929673286
....................................................
这里我发现，无论是单胞还是原胞，其存的文件内容完全相同，但是名字不同。
4、这时候你如果import的话，就会看见电子密度图了。
5、下面就到问题的关键了，用MATLAB转换绘图。
1）从上面的文件内容我们可以知道，其内容格式十分整齐，就是a b c 坐标然后跟着该点上的电荷密度，而且坐标都是整数。
我计算的材料是正交系的，三个角都是直角，而且a b c的值都是1到45，于是可以偷懒。
2）数据的输入及转换
在MATLAB中，用csvread先读入电子密度，设为V;
再重整：V=RESHAPE(v,45,45,45)；
格式我对了，没有问题；
3）坐标点的整理
先在MS中确定用a面，就是b,c面，和a轴垂直的，那个面（100），得到一组
normal和 position属性，position假定为3.17
然后mesh格点：

[sy,sz]=meshgrid(1:45,1:45)
sx=zeros(45,45)+3.17
这样数据就整理好了。
4）绘图
绘图：
contourslice(V,sx,sy,sz)
我用contourslice(V,sx,sy,sz)去画，结果和想想的一点都不一样。

呵呵，结果不是那样的。
哪儿出问题了？
请教！
请做过的师兄指教，谢谢！
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以一无所知和无所不知的方式去思考；以即将赴死和永生不死的态度去生活。
23楼2008-07-06 11:11:50
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hopingzmn

金虫 (知名作家)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢
ocean08(金币+5,VIP+0):谢谢你啊！Matlab我也不懂啊，期望有比较简单的方法。
这个是一个重要的问题哦，曾在看到如何画，大致是这么说的：
引用回帖:
MS结果文件夹中*.grd文件内存储的是三维空间各点的电荷密度值，利用这个数据就可以得到二维的电荷密度等值线图,应该有专门的软件能画,不过用matlab编自己编程序也不难，其中关键命令是contourslice，实现在某一平面内绘制等高线
grd 文件是隐藏的，可以去结果文件找，电荷密度的应该是***_density.grd,如果同时计算了其它性质应该还有其它grd文件，如***_homo.grd，***_lumo.grd
contourslice 的格式是 contourslice（x,y,z,v,x1,y1,z1）,其中x,y,z都是三维矩阵，定义一个空间网格，v是网格上各个点的值，在这里就是输出的电荷密度值；x1，y1，z1用来定义选择的截面，正确输入contourslice后就会绘制出该平面上的电荷密度等高线图

这个说的是dmol中电荷密度的画法，在castep中电荷密度的数据保存在×.charg_frm中。

没有实践过，关键不会用matlab……
MS也可以得到二维的电荷密度图，只是不是你附件中这种等高线形式的
盼实践过的高手具体指导一下
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淡定
2楼2008-04-22 09:40:48
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ocean08

木虫 (著名写手)

做人要开心
还望各位带下不吝赐教啊！到底这些图是怎么得到？
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以一无所知和无所不知的方式去思考；以即将赴死和永生不死的态度去生活。
3楼2008-04-22 16:32:55
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hopingzmn

金虫 (知名作家)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
引用回帖:
Originally posted by ocean08 at 2008-4-22 16:32:
还望各位带下不吝赐教啊！到底这些图是怎么得到？

见过和这个Fig 5很类似的图，在那个华南师范的Materials Studio上面有一个例子——“Pd(110)面上的CO 分子电荷密度变化”，讲解了如何画这种图，可以下载看看，下面有个链接：
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=403017&fpage=2
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淡定
4楼2008-04-22 16:48:36
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