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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » 【求助】怎样得到电荷密度图
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ocean08

木虫 (著名写手)

做人要开心

[交流] 【求助】怎样得到电荷密度图

弱弱的问一下，在许多文献中都看到电荷密度图，请问他是怎么算出来的？在castep中如何得到如下图所示这样的电荷密度图？
请各位大侠不吝赐教

[ Last edited by freshgirl on 2009-6-26 at 16:31 ]
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以一无所知和无所不知的方式去思考；以即将赴死和永生不死的态度去生活。
1楼 2008-04-22 09:30:04
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

xmr0125

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
spur(金币+5,VIP+0):Very Good! 欢迎常来小木虫！
从菜单栏里选择View | Toolbars | Volume Visualization。
我们可以给结构加一个切面。
点击与Create Slices button 相关的选项箭头，选择Best Fit。在Choose Fields to Slice
对话栏里，选择DMol3 electrostatic potential 选项，点击OK。
一个穿越电静势的切面就显示出来了。这个切面使用了全区的最大值和最小值。如果要
查看最大值和最小值在切面上的分布和具体区域，就需要再次使用Color Map 对话栏。
点击工具条上的Color Maps 按钮，点击切面并选择。
当你选择切面的时候，一条黄色虚线显示在切面的边沿，而在选中区域的中间有一个黄
色虚线十字。
点击与From 相关的right-arrow 并选择Mapped Minimum。点击与To 相关的
right-arrow 并选择Mapped Mean。改变Spectrum 为Blue-White-Red。
有一些较大的最大值在这个网格区域，但这是不需要看到的，所以没有选择Mapped
Maximum，而选择了Mapped Mean。我们还可以使用Color Maps 对话栏对这些值进行选择
性显示。
点击与颜色条相关的Red right-arrow。
所有大于平均值的点都被从切面上删除。我们还可以通过操作删除特定的颜色、改变颜
色等等。
点击那两条竖直的线，平均值以上的颜色就重新显示出来了。关闭Color Maps 对话栏。
我们可以用Display Style 对话栏里的Slice 工具改变切面的显示方式。
右击鼠标，打开Display Style 对话栏。换到Slices 标签，拖动Transparency 标尺到右
边。
当拖动Transparency 标尺的时候，切面的透明度也随着变化。
当结束对切面和等密度面等的分析工作之后，我们可以删除它们。
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人生如此！
14楼2008-05-24 17:05:35
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普通回帖

hopingzmn

金虫 (知名作家)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢
ocean08(金币+5,VIP+0):谢谢你啊！Matlab我也不懂啊，期望有比较简单的方法。
这个是一个重要的问题哦，曾在看到如何画，大致是这么说的：
引用回帖:
MS结果文件夹中*.grd文件内存储的是三维空间各点的电荷密度值，利用这个数据就可以得到二维的电荷密度等值线图,应该有专门的软件能画,不过用matlab编自己编程序也不难，其中关键命令是contourslice，实现在某一平面内绘制等高线
grd 文件是隐藏的，可以去结果文件找，电荷密度的应该是***_density.grd,如果同时计算了其它性质应该还有其它grd文件，如***_homo.grd，***_lumo.grd
contourslice 的格式是 contourslice（x,y,z,v,x1,y1,z1）,其中x,y,z都是三维矩阵，定义一个空间网格，v是网格上各个点的值，在这里就是输出的电荷密度值；x1，y1，z1用来定义选择的截面，正确输入contourslice后就会绘制出该平面上的电荷密度等高线图

这个说的是dmol中电荷密度的画法，在castep中电荷密度的数据保存在×.charg_frm中。

没有实践过，关键不会用matlab……
MS也可以得到二维的电荷密度图，只是不是你附件中这种等高线形式的
盼实践过的高手具体指导一下
赞一下(11人) 回复此楼
淡定
2楼2008-04-22 09:40:48
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ocean08

木虫 (著名写手)

做人要开心
还望各位带下不吝赐教啊！到底这些图是怎么得到？
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以一无所知和无所不知的方式去思考；以即将赴死和永生不死的态度去生活。
3楼2008-04-22 16:32:55
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hopingzmn

金虫 (知名作家)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
引用回帖:
Originally posted by ocean08 at 2008-4-22 16:32:
还望各位带下不吝赐教啊！到底这些图是怎么得到？

见过和这个Fig 5很类似的图，在那个华南师范的Materials Studio上面有一个例子——“Pd(110)面上的CO 分子电荷密度变化”，讲解了如何画这种图，可以下载看看，下面有个链接：
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=403017&fpage=2
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淡定
4楼2008-04-22 16:48:36
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sduzsw

我也想知道电荷密度图怎么得到的，能不能输出数据呢？可不可以作出沿某个方向的电荷密度图（一维）呢？
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5楼2008-04-22 19:46:10
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shxincui518

铜虫 (正式写手)
我也曾经问过，到现在还是一头雾水！希望高手出来说下，在ms可以直接切。
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6楼2008-04-24 20:46:15
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sduzsw

二楼说的×.charg_frm文件我怎么找不到呢，还请赐教
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7楼2008-04-25 10:42:18
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hopingzmn

金虫 (知名作家)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢
回楼上的：这个文件应该是隐藏的，可以去结果文件夹中找找看
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淡定
8楼2008-04-25 10:59:27
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066040223

结果文件夹在哪里啊？
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9楼2008-05-23 17:31:41
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hopingzmn

金虫 (知名作家)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢
回楼上的：一般就在你建立的project同名的文件夹中
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淡定
10楼2008-05-23 19:02:31
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