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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » 【求助】怎样得到电荷密度图
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066040223

为什么我死活找不到×.charg_frm文件呢，已经按照说的做了呀，我用的是catep
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21楼2008-06-10 11:51:34
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ocean08

木虫 (著名写手)

做人要开心

转载的

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
csfn(金币+8,VIP+0):3Q
引用回帖:
Originally posted by 066040223 at 2008-6-10 11:51:
为什么我死活找不到×.charg_frm文件呢，已经按照说的做了呀，我用的是catep

1、首先计算出电子密度，这个不用讲了；
2、然后，选中3D原子文件，分析，选电子密度，同时选上等值面；
3、先save－－>目录中会多出一个.charg_frm文件。我想这个就应该是了。
它的文件格式为：
a  b  c  Charge
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以一无所知和无所不知的方式去思考；以即将赴死和永生不死的态度去生活。
22楼2008-07-06 11:05:45
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ocean08

木虫 (著名写手)

做人要开心

转载的

★ ★ ★
suntao1982(金币+3,VIP+0):谢谢交流!
老问题再度提出！－－二维电子密度图
－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－
前面已经有人提出了，但是已经沉底了，懒得去翻，再重新提出，斑竹不要删喔！
闲话少说，言归正传。
－－－－－－－－－－－－－
1、首先计算出电子密度，这个不用讲了；
2、然后，选中3D原子文件，分析，选电子密度，同时选上等值面；
3、先save－－>好像和acridine兄说的不同，没有发现有.grd文件，但是目录中会多出一个.charg_frm文件。我想这个就应该是了。
它的文件格式为：
a b c Charge
1 1 1 20.4291333179468
2 1 1 21.703304660858524
3 1 1 25.528902136817084
4 1 1 31.530000049221105
5 1 1 39.074431775541491
6 1 1 46.869700929673286
....................................................
这里我发现，无论是单胞还是原胞，其存的文件内容完全相同，但是名字不同。
4、这时候你如果import的话，就会看见电子密度图了。
5、下面就到问题的关键了，用MATLAB转换绘图。
1）从上面的文件内容我们可以知道，其内容格式十分整齐，就是a b c 坐标然后跟着该点上的电荷密度，而且坐标都是整数。
我计算的材料是正交系的，三个角都是直角，而且a b c的值都是1到45，于是可以偷懒。
2）数据的输入及转换
在MATLAB中，用csvread先读入电子密度，设为V;
再重整：V=RESHAPE(v,45,45,45)；
格式我对了，没有问题；
3）坐标点的整理
先在MS中确定用a面，就是b,c面，和a轴垂直的，那个面（100），得到一组
normal和 position属性，position假定为3.17
然后mesh格点：

[sy,sz]=meshgrid(1:45,1:45)
sx=zeros(45,45)+3.17
这样数据就整理好了。
4）绘图
绘图：
contourslice(V,sx,sy,sz)
我用contourslice(V,sx,sy,sz)去画，结果和想想的一点都不一样。

呵呵，结果不是那样的。
哪儿出问题了？
请教！
请做过的师兄指教，谢谢！
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23楼2008-07-06 11:11:50
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ocean08

木虫 (著名写手)

做人要开心

转载的，大家讨论一下

*.charg_frm文件可以用记事本打开


另外还有一个重要的问题：
数据文件中给出的坐标参数，从help文件看时和计算晶格时单位一致，也就是说应该是A；但是，对于什么六角单斜等晶系，此a,b,c多不是正交的，而且a,b,c多不相等，是不是在做数据转换，特别是确定某个平面的时候需要转换到笛卡儿坐标系？
这比较麻烦了。
不知道是不是这样的。



老问题再度提出！－－二维电子密度图
－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－
前面已经有人提出了，但是已经沉底了，懒得去翻，再重新提出，斑竹不要删喔！
闲话少说，言归正传。
－－－－－－－－－－－－－
1、首先计算出电子密度，这个不用讲了；
2、然后，选中3D原子文件，分析，选电子密度，同时选上等值面；
3、先save－－>好像和acridine兄说的不同，没有发现有.grd文件，但是目录中会多出一个.charg_frm文件。我想这个就应该是了。
它的文件格式为：
a b c Charge


看了大家发的帖子，觉得很有收获，我也将我自己做的二维电子密度图贴在下面。
同时在作图的过程中也遇到一些问题，也写在下面，希望大家多多指点。
1，在sdzzz的文章中提到用csvread读入电子密度数据，我怎么不能用，我用的是importdata.
2，如果a,b,c三个方向不垂直，该怎么办？在我做的例子中三个方向的夹角是60度，而做出来的结果却是90度。
3，如何确定投影的平面，Sliceposition是什么意思？
4，用matlab怎么作出图形旁边的有颜色的柱子？
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24楼2008-07-06 11:16:51
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jolly

银虫 (小有名气)
接23楼。
charg_frm文件格式为：
a b c Charge
1 1 1 20.4291333179468
2 1 1 21.703304660858524
3 1 1 25.528902136817084
4 1 1 31.530000049221105
5 1 1 39.074431775541491
6 1 1 46.869700929673286

如何把它转化为origin的Matrix使用的格式？哪位兄弟知道，请告知。
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欢迎访问我的博客[url]http://wait4u.blog.edu.cn[/url]
25楼2008-07-09 11:00:28
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awpsr

金虫 (正式写手)

快快乐乐小青虫
引用回帖:
Originally posted by ocean08 at 2008-4-22 16:32:
还望各位带下不吝赐教啊！到底这些图是怎么得到？

先计算电荷密度,然后在CASTEP中分析得到电荷密度图,其他的都可以通过等势面的改变寻求合理的结果
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世上本没有人， 路走多了便成了人
26楼2008-07-13 18:18:19
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