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ocean08

木虫 (著名写手)

做人要开心

[交流] 【求助】怎样得到电荷密度图

弱弱的问一下,在许多文献中都看到电荷密度图,请问他是怎么算出来的?在castep中如何得到如下图所示这样的电荷密度图?
请各位大侠不吝赐教

[ Last edited by freshgirl on 2009-6-26 at 16:31 ]
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以一无所知和无所不知的方式去思考;以即将赴死和永生不死的态度去生活。
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ocean08

木虫 (著名写手)

做人要开心

转载的,大家讨论一下

*.charg_frm文件可以用记事本打开


另外还有一个重要的问题:
数据文件中给出的坐标参数,从help文件看时和计算晶格时单位一致,也就是说应该是A;但是,对于什么六角单斜等晶系,此a,b,c多不是正交的,而且a,b,c多不相等,是不是在做数据转换,特别是确定某个平面的时候需要转换到笛卡儿坐标系?
这比较麻烦了。
不知道是不是这样的。



老问题再度提出!--二维电子密度图
----------------------
前面已经有人提出了,但是已经沉底了,懒得去翻,再重新提出,斑竹不要删喔!
闲话少说,言归正传。
-------------
1、首先计算出电子密度,这个不用讲了;
2、然后,选中3D原子文件,分析,选电子密度,同时选上等值面;
3、先save-->好像和acridine兄说的不同,没有发现有.grd文件,但是目录中会多出一个.charg_frm文件。我想这个就应该是了。
它的文件格式为:
a b c Charge


看了大家发的帖子,觉得很有收获,我也将我自己做的二维电子密度图贴在下面。
同时在作图的过程中也遇到一些问题,也写在下面,希望大家多多指点。
1,在sdzzz的文章中提到用csvread读入电子密度数据,我怎么不能用,我用的是importdata.
2,如果a,b,c三个方向不垂直,该怎么办?在我做的例子中三个方向的夹角是60度,而做出来的结果却是90度。
3,如何确定投影的平面,Sliceposition是什么意思?
4,用matlab怎么作出图形旁边的有颜色的柱子?
以一无所知和无所不知的方式去思考;以即将赴死和永生不死的态度去生活。
24楼2008-07-06 11:16:51
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查看全部 27 个回答

hopingzmn

金虫 (知名作家)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢
ocean08(金币+5,VIP+0):谢谢你啊!Matlab我也不懂啊,期望有比较简单的方法。
这个是一个重要的问题哦,曾在看到如何画,大致是这么说的:
引用回帖:
MS结果文件夹中*.grd文件内存储的是三维空间各点的电荷密度值,利用这个数据就可以得到二维的电荷密度等值线图,应该有专门的软件能画,不过用matlab编自己编程序也不难,其中关键命令是contourslice,实现在某一平面内绘制等高线
grd 文件是隐藏的,可以去结果文件找,电荷密度的应该是***_density.grd,如果同时计算了其它性质应该还有其它grd文件,如***_homo.grd,***_lumo.grd
contourslice 的格式是 contourslice(x,y,z,v,x1,y1,z1),其中x,y,z都是三维矩阵,定义一个空间网格,v是网格上各个点的值,在这里就是输出的电荷密度值;x1,y1,z1用来定义选择的截面,正确输入contourslice后就会绘制出该平面上的电荷密度等高线图

这个说的是dmol中电荷密度的画法,在castep中电荷密度的数据保存在×.charg_frm中。

没有实践过,关键不会用matlab……
MS也可以得到二维的电荷密度图,只是不是你附件中这种等高线形式的
盼实践过的高手具体指导一下
淡定
2楼2008-04-22 09:40:48
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ocean08

木虫 (著名写手)

做人要开心

还望各位带下不吝赐教啊!到底这些图是怎么得到?
以一无所知和无所不知的方式去思考;以即将赴死和永生不死的态度去生活。
3楼2008-04-22 16:32:55
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hopingzmn

金虫 (知名作家)

★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
引用回帖:
Originally posted by ocean08 at 2008-4-22 16:32:
还望各位带下不吝赐教啊!到底这些图是怎么得到?

见过和这个Fig 5很类似的图,在那个华南师范的Materials Studio上面有一个例子——“Pd(110)面上的CO 分子电荷密度变化”,讲解了如何画这种图,可以下载看看,下面有个链接:
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=403017&fpage=2
淡定
4楼2008-04-22 16:48:36
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