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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » [求助]ICSD中导出数据在MS下建模问题
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abc6394490

铜虫 (小有名气)

[交流] [求助]ICSD中导出数据在MS下建模问题

在ICSD中导出的CIF格式文件用MS打开后，原子之间没有成键，Rebuild Crystal也没有用，不知道该如何解决？
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1楼 2008-04-19 10:42:28
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北宸

金虫 (小有名气)
★ ★
spur(金币+2,VIP+0):多谢！欢迎常来小木虫！
用calculate bond来重新生成键，但一半也不准确，如果原子数较少，可以自己来链接成键
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2楼2008-04-19 12:00:46
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jayeeliu

引用回帖:
Originally posted by 北宸 at 2008-4-19 12:00:
用calculate bond来重新生成键，但一半也不准确，如果原子数较少，可以自己来链接成键

这个也试过了，也没有反应

手动...................

说大不大，说小也不小，72个原子的晶胞
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3楼2008-04-19 15:48:21
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北宸

金虫 (小有名气)
呵呵，不大，我自己还手动画过C72的笼呢，数得我眼睛都发花，我的方法比较笨，希望高人能给指条明路
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4楼2008-04-19 18:04:01
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wendaoliuxu

捐助贵宾 (小有名气)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
为什么一定要算成键？我试过CSTEP模块算ABO3钙钛矿的能量等，从icsd导入后，相同两个样本，一个用calculate bond生成了键，另一没有，结果一模一样。
若实在想把键都画出来，可以编程。比如A离子和B离子之间，若实际距离小于A离子和B离子半径和105％以上，则认为成键。
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whowantstobemy"ErwinSchrodinger'sCat"?
5楼2008-04-19 18:47:57
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lei0736

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主
对 可以通过原子间距离或者能量判断成键 自己编写一个小程序就行了
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6楼2008-04-20 08:35:44
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abc6394490

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by wendaoliuxu at 2008-4-19 18:47:
为什么一定要算成键？我试过CSTEP模块算ABO3钙钛矿的能量等，从icsd导入后，相同两个样本，一个用calculate bond生成了键，另一没有，结果一模一样。
若实在想把键都画出来，可以编程。比如A离子和B离子之间，若 ...

我用的是forcite这个模块，做分子动力学模拟，如果不成键的话计算时可以完成，但结果一定是错的，那场面真的很壮观

几千个原子，就像是星际大爆炸一样

写程序对我来说也不是问题，我本来就是做软件开发的（不过是web开发，写的都是脚本），不过只是做毕业设计（还是本科的），已经写过处理有问题的rdf的脚本，不想没事找事做了，而且自己现在也很忙，一直在做项目

后来我又研究了一下，通过计算成键确实可以，开始自己有些地方选错了，不过现在还是不知道对不对
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7楼2008-04-21 12:36:22
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