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abc6394490

铜虫 (小有名气)

[交流] [求助]ICSD中导出数据在MS下建模问题

在ICSD中导出的CIF格式文件用MS打开后,原子之间没有成键,Rebuild Crystal也没有用,不知道该如何解决?
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北宸

金虫 (小有名气)

★ ★
spur(金币+2,VIP+0):多谢!欢迎常来小木虫!
用calculate bond来重新生成键,但一半也不准确,如果原子数较少,可以自己来链接成键
2楼2008-04-19 12:00:46
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jayeeliu

引用回帖:
Originally posted by 北宸 at 2008-4-19 12:00:
用calculate bond来重新生成键,但一半也不准确,如果原子数较少,可以自己来链接成键

这个也试过了,也没有反应

手动...................

说大不大,说小也不小,72个原子的晶胞
3楼2008-04-19 15:48:21
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北宸

金虫 (小有名气)

呵呵,不大,我自己还手动画过C72的笼呢,数得我眼睛都发花,我的方法比较笨,希望高人能给指条明路
4楼2008-04-19 18:04:01
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wendaoliuxu

捐助贵宾 (小有名气)

★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
为什么一定要算成键?我试过CSTEP模块算ABO3钙钛矿的能量等,从icsd导入后,相同两个样本,一个用calculate bond生成了键,另一没有,结果一模一样。
若实在想把键都画出来,可以编程。比如A离子和B离子之间,若实际距离小于A离子和B离子半径和105%以上,则认为成键。
whowantstobemy"ErwinSchrodinger'sCat"?
5楼2008-04-19 18:47:57
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lei0736

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主

对 可以通过原子间距离或者能量判断成键 自己编写一个小程序就行了
6楼2008-04-20 08:35:44
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abc6394490

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by wendaoliuxu at 2008-4-19 18:47:
为什么一定要算成键?我试过CSTEP模块算ABO3钙钛矿的能量等,从icsd导入后,相同两个样本,一个用calculate bond生成了键,另一没有,结果一模一样。
若实在想把键都画出来,可以编程。比如A离子和B离子之间,若 ...

我用的是forcite这个模块,做分子动力学模拟,如果不成键的话计算时可以完成,但结果一定是错的,那场面真的很壮观

几千个原子,就像是星际大爆炸一样

写程序对我来说也不是问题,我本来就是做软件开发的(不过是web开发,写的都是脚本),不过只是做毕业设计(还是本科的),已经写过处理有问题的rdf的脚本,不想没事找事做了,而且自己现在也很忙,一直在做项目

后来我又研究了一下,通过计算成键确实可以,开始自己有些地方选错了,不过现在还是不知道对不对
7楼2008-04-21 12:36:22
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