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Movchan

金虫 (正式写手)

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虫号: 410528

[交流] Affymetrix表达谱芯片数据如何跨平台比较？探针如何对应？

比如我用GPL570平台，Affymetrix HG-U133_Plus_2做的表达谱数据，找出了异常表达的基因探针。但是我又需要查找这些探针在GPL96平台，HG-U133A下的对应探针，即跨平台探针比较。
我现在的做法是利用Affymetrix网站的Query Search，先把HG-U133_Plus_2的探针找出对应的Gene Symbol，然后再反过来找对应的HG-U133A探针。可是这里面出现一个问题，就是两个平台的探针不再是一一对应关系。当然，它们可以不一一对应，可问题是当出现一个HG-U133_Plus_2的探针对应于多个HG-U133A探针时，是全部留下还是如何取舍呢？从Affymetrix网站“Home > Support > Microarray Technical Documentations > Array Comparison ”找了一圈，说是探针比较可以有Good match和Best match。如果能对上Best match那当然是好，可是不属于这两种情况下，又该怎么看比较结果呢？
总之一句话，我就是想把HG-U133_Plus_2的探针对应到HG-U133A，如何做到？出现一对多的情况下，如何取舍？

因为本人刚接触表达谱，不知道我的问题是不是很业余，请海涵，谢谢指教！

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1楼 2014-09-08 16:01:28

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dxh86412

铜虫 (初入文坛)

应助: 13 (小学生)
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帖子: 49
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虫号: 2003142

★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖

如果你熟悉R和bioconductor的话其实很好解决。affymetrix的芯片一个基因对应11个探针组，所以你从探针水平对应其实没有什么意义，你完全可以分别计算两类芯片的差异表达，然后直接比较基因水平的表达差异。希望可以帮到你~

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19楼2015-06-22 02:46:05

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假大空6楼

2014-09-08 16:33 回复

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