24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 2754  |  回复: 18
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

Movchan

金虫 (正式写手)


[交流] Affymetrix表达谱芯片数据如何跨平台比较?探针如何对应?

比如我用GPL570平台,Affymetrix HG-U133_Plus_2做的表达谱数据,找出了异常表达的基因探针。但是我又需要查找这些探针在GPL96平台,HG-U133A下的对应探针,即跨平台探针比较。
我现在的做法是利用Affymetrix网站的Query Search,先把HG-U133_Plus_2的探针找出对应的Gene Symbol,然后再反过来找对应的HG-U133A探针。可是这里面出现一个问题,就是两个平台的探针不再是一一对应关系。当然,它们可以不一一对应,可问题是当出现一个HG-U133_Plus_2的探针对应于多个HG-U133A探针时,是全部留下还是如何取舍呢?从Affymetrix网站“Home > Support > Microarray Technical Documentations > Array Comparison ”找了一圈,说是探针比较可以有Good match和Best match。如果能对上Best match那当然是好,可是不属于这两种情况下,又该怎么看比较结果呢?
总之一句话,我就是想把HG-U133_Plus_2的探针对应到HG-U133A,如何做到?出现一对多的情况下,如何取舍?

因为本人刚接触表达谱,不知道我的问题是不是很业余,请海涵,谢谢指教!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

» 抢金币啦!回帖就可以得到:

查看全部散金贴

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dxh86412

铜虫 (初入文坛)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
如果你熟悉R和bioconductor的话其实很好解决。affymetrix的芯片一个基因对应11个探针组,所以你从探针水平对应其实没有什么意义,你完全可以分别计算两类芯片的差异表达,然后直接比较基因水平的表达差异。希望可以帮到你~
19楼2015-06-22 02:46:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 19 个回答
简单回复
假大空6楼
2014-09-08 16:33   回复  
Movchan(金币+2): 谢谢参与
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 294分080500材料科学与工程求调剂 +8 柳溪边 2026-03-26 8/400 2026-03-29 20:42 by 唐沐儿
[考研] 总分293求调剂 +8 加一一九 2026-03-25 11/550 2026-03-29 19:53 by 无际的草原
[考研] 070305高分子化学与物理 304分求调剂 +12 c297914 2026-03-28 12/600 2026-03-29 16:21 by Serene1974
[考研] 298求调剂 +3 种圣赐 2026-03-29 3/150 2026-03-29 12:06 by longlotian
[考研] 332求调剂 +8 蕉蕉123 2026-03-28 8/400 2026-03-29 10:46 by 周梓丹
[考研] 321求调剂 +7 璞玉~~ 2026-03-25 8/400 2026-03-29 06:41 by 544594351
[考研] 数一英一271专硕(085401)求调剂,可跨 +7 前行必有光 2026-03-28 8/400 2026-03-28 23:22 by 小木虫tim
[考研] 压国家一区线,求导师收留,有恩必谢! +7 迷人的哈哈 2026-03-28 7/350 2026-03-28 16:47 by 催化大白
[考研] 283求调剂 +3 A child 2026-03-28 3/150 2026-03-28 15:41 by ms629
[考研] 317求调剂 +6 十闲wx 2026-03-24 6/300 2026-03-28 13:27 by Iveryant
[考研] 0703一志愿9,初试成绩:338,四六级已过,有科研经历,求调剂! +4 Zuhui0306 2026-03-25 4/200 2026-03-28 13:07 by 唐沐儿
[考研] 311求调剂 +3 希望上岸阿小杨 2026-03-23 3/150 2026-03-28 07:57 by 热情沙漠
[考研] 308求调剂 +7 墨墨漠 2026-03-27 7/350 2026-03-28 07:43 by 热情沙漠
[考研] 086000调剂 +3 7901117076 2026-03-26 3/150 2026-03-27 21:34 by Jianing_Mi
[考研] 一志愿南师大0703化学 275求调剂 +4 Ripcord上岸 2026-03-27 4/200 2026-03-27 17:00 by zhyzzh
[考研] 一志愿 西北大学 总分282 英语一62 求调剂 +7 18419759900 2026-03-25 8/400 2026-03-27 16:38 by 18419759900
[考研] 321求调剂 +6 wasdssaa 2026-03-26 6/300 2026-03-26 20:57 by sanrepian
[考研] 085601求调剂总分293英一数二 +4 钢铁大炮 2026-03-24 4/200 2026-03-26 16:28 by dick_runner
[考研] 086003食品工程求调剂 +6 淼淼111 2026-03-24 6/300 2026-03-25 10:29 by 3Strings
[考研] 材料专硕找调剂 +5 哈哈哈吼吼吼哈 2026-03-23 5/250 2026-03-24 19:07 by 了了了了。。
信息提示
请填处理意见