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Movchan

金虫 (正式写手)


[交流] Affymetrix表达谱芯片数据如何跨平台比较?探针如何对应?

比如我用GPL570平台,Affymetrix HG-U133_Plus_2做的表达谱数据,找出了异常表达的基因探针。但是我又需要查找这些探针在GPL96平台,HG-U133A下的对应探针,即跨平台探针比较。
我现在的做法是利用Affymetrix网站的Query Search,先把HG-U133_Plus_2的探针找出对应的Gene Symbol,然后再反过来找对应的HG-U133A探针。可是这里面出现一个问题,就是两个平台的探针不再是一一对应关系。当然,它们可以不一一对应,可问题是当出现一个HG-U133_Plus_2的探针对应于多个HG-U133A探针时,是全部留下还是如何取舍呢?从Affymetrix网站“Home > Support > Microarray Technical Documentations > Array Comparison ”找了一圈,说是探针比较可以有Good match和Best match。如果能对上Best match那当然是好,可是不属于这两种情况下,又该怎么看比较结果呢?
总之一句话,我就是想把HG-U133_Plus_2的探针对应到HG-U133A,如何做到?出现一对多的情况下,如何取舍?

因为本人刚接触表达谱,不知道我的问题是不是很业余,请海涵,谢谢指教!
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dxh86412

铜虫 (初入文坛)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
如果你熟悉R和bioconductor的话其实很好解决。affymetrix的芯片一个基因对应11个探针组,所以你从探针水平对应其实没有什么意义,你完全可以分别计算两类芯片的差异表达,然后直接比较基因水平的表达差异。希望可以帮到你~
19楼2015-06-22 02:46:05
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假大空6楼
2014-09-08 16:33   回复  
Movchan(金币+2): 谢谢参与
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