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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 狐狸肠道菌群中几种常见菌的类型，做定量分析时，在菌种保存中心订购时如何选择？
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naruto199004

新虫 (初入文坛)

[求助] 狐狸肠道菌群中几种常见菌的类型，做定量分析时，在菌种保存中心订购时如何选择？ 已有1人参与

跪求各位虫友指点迷津！小弟现在打算做狐狸肠道菌群中常见菌，如乳酸菌、大肠杆菌等细菌的定量测定，需要购买乳酸菌等菌种的标准菌株制作标准曲线做对照分析，因待测菌都有几种亚种和不同的属，如何在菌种保存中心订购选择需要的类型，为此很困惑！还有设计16S rDNA基因PCR引物序列时片段长度多长为宜？再者有没有不用购买菌种就能绘制标准曲线的实验方法？
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1楼 2014-08-29 15:47:51
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bio_sci

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by naruto199004 at 2014-08-29 16:30:28
首先感谢这位朋友的回帖！我觉得也是这样，但是我查阅多篇文献中选择的片段长度都在200~350bp，我就有些蒙，而且文献中的引物序列都是各个菌属的，比方说乳酸菌属的引物是不是能把肠道中所有乳酸菌的亚种都能扩增出 ...

能扩出来，但是pcr产物都是杂合的，里面都属于不同菌株的16s序列

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4楼2014-08-29 16:42:21
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bio_sci

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
一般定量pcr的模板片段长度是150-200bp

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2楼2014-08-29 15:57:40
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naruto199004

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by bio_sci at 2014-08-29 15:57:40
一般定量pcr的模板片段长度是150-200bp

首先感谢这位朋友的回帖！我觉得也是这样，但是我查阅多篇文献中选择的片段长度都在200~350bp，我就有些蒙，而且文献中的引物序列都是各个菌属的，比方说乳酸菌属的引物是不是能把肠道中所有乳酸菌的亚种都能扩增出来，就是通用引物？
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3楼2014-08-29 16:30:28
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naruto199004

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by bio_sci at 2014-08-29 16:42:21
能扩出来，但是pcr产物都是杂合的，里面都属于不同菌株的16s序列
...

哦哦，但是如果用乳酸菌属的通用引物扩增出来的应该都是乳酸菌属的亚种的16s序列吧，可我查阅的文献中绘制标准曲线所订购的标准菌株却只有一种，用它制作的曲线能代表所有的菌种么
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5楼2014-08-29 17:58:04
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