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bainaling

铁杆木虫 (正式写手)

[交流] 关于sphingomonas和sphingobium

为什么把一个16rDNA序列在NCBI上比对之后显示是sphingomonas，但是在rdp上match后显示是sphingobium呢？
这两个不是早就说是不同的属了么
大家都来说说~~
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1楼 2014-08-29 15:36:57
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RuyangHan

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
NCBI上垃圾序列较多，谁都可以提交，没有人检查的，这样的问题就把好的结果淹没了。RDP是从NCBI和其他数据库提炼出来的二级数据库，比较好，但初始数据都是一样的。所以你仔细检查。最好的方法是你的菌和这两个属的模式菌株比对，RDP应该能给出这个结果。模式种在RDP里是菌名后来有个T，是Type strain的意思。
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8楼2014-08-30 07:32:35
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普通回帖

cxjzly2008
★
bainaling(金币+1): 谢谢参与
2楼2014-08-29 15:40:53
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yaoyao145
★
bainaling(金币+1): 谢谢参与
3楼2014-08-29 15:56:11
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dmbb
★
bainaling(金币+1): 谢谢参与
4楼2014-08-29 15:57:16
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chyzm
★
bainaling(金币+1): 谢谢参与
。。
5楼2014-08-29 15:58:19
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kiss20085537
★
bainaling(金币+1): 谢谢参与
6楼2014-08-29 15:58:26
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star_zhang
7楼2014-08-29 15:59:47
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阿Q~~

至尊木虫 (文坛精英)
帮顶 ~~~~~~~~~~~~~
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自强不息，厚德载物；独立精神，自由思想。
9楼2014-08-30 08:50:27
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bainaling

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by RuyangHan at 2014-08-30 07:32:35
NCBI上垃圾序列较多，谁都可以提交，没有人检查的，这样的问题就把好的结果淹没了。RDP是从NCBI和其他数据库提炼出来的二级数据库，比较好，但初始数据都是一样的。所以你仔细检查。最好的方法是你的菌和这两个属的 ...

嗯嗯 那我再看看，谢谢哈
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10楼2014-08-30 09:28:02
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