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bainaling

铁杆木虫 (正式写手)

[交流] 关于sphingomonas和sphingobium

为什么把一个16rDNA序列在NCBI上比对之后显示是sphingomonas,但是在rdp上match后显示是sphingobium呢?
这两个不是早就说是不同的属了么
大家都来说说~~
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阿Q~~

至尊木虫 (文坛精英)

自强不息,厚德载物;独立精神,自由思想。
9楼2014-08-30 08:50:27
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RuyangHan

金虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
NCBI上垃圾序列较多,谁都可以提交,没有人检查的,这样的问题就把好的结果淹没了。RDP是从NCBI和其他数据库提炼出来的二级数据库,比较好,但初始数据都是一样的。所以你仔细检查。最好的方法是你的菌和这两个属的模式菌株比对,RDP应该能给出这个结果。模式种在RDP里是菌名后来有个T,是Type strain的意思。
8楼2014-08-30 07:32:35
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bainaling

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by RuyangHan at 2014-08-30 07:32:35
NCBI上垃圾序列较多,谁都可以提交,没有人检查的,这样的问题就把好的结果淹没了。RDP是从NCBI和其他数据库提炼出来的二级数据库,比较好,但初始数据都是一样的。所以你仔细检查。最好的方法是你的菌和这两个属的 ...

嗯嗯 那我再看看,谢谢哈
10楼2014-08-30 09:28:02
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bainaling

铁杆木虫 (正式写手)

果然打酱油的好多。。。
11楼2014-08-30 09:28:40
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