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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 分类/鉴定 » 关于sphingomonas和sphingobium
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bainaling

铁杆木虫 (正式写手)

[交流] 关于sphingomonas和sphingobium

为什么把一个16rDNA序列在NCBI上比对之后显示是sphingomonas，但是在rdp上match后显示是sphingobium呢？
这两个不是早就说是不同的属了么
大家都来说说~~
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1楼 2014-08-29 15:36:57
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bainaling

铁杆木虫 (正式写手)
在EzBiocloud和rdp上面都显示是sphingobium，NCBI上sphingomonas ，我觉得应该是前者了。。。
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14楼2014-09-01 13:17:40
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RuyangHan

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
NCBI上垃圾序列较多，谁都可以提交，没有人检查的，这样的问题就把好的结果淹没了。RDP是从NCBI和其他数据库提炼出来的二级数据库，比较好，但初始数据都是一样的。所以你仔细检查。最好的方法是你的菌和这两个属的模式菌株比对，RDP应该能给出这个结果。模式种在RDP里是菌名后来有个T，是Type strain的意思。
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8楼2014-08-30 07:32:35
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阿Q~~

至尊木虫 (文坛精英)
帮顶 ~~~~~~~~~~~~~
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自强不息，厚德载物；独立精神，自由思想。
9楼2014-08-30 08:50:27
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bainaling

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by RuyangHan at 2014-08-30 07:32:35
NCBI上垃圾序列较多，谁都可以提交，没有人检查的，这样的问题就把好的结果淹没了。RDP是从NCBI和其他数据库提炼出来的二级数据库，比较好，但初始数据都是一样的。所以你仔细检查。最好的方法是你的菌和这两个属的 ...

嗯嗯 那我再看看，谢谢哈
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10楼2014-08-30 09:28:02
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